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南方科技大学公共卫生及应急管理学院2025级博士研究生招生报考通知
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lvyanniwin

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】如果一定要用AMBER力场来优化有机小分子,参数如何设置?

各位大侠好:
      由于课题需要,一定需要使用AMBER力场来优化有机小分子,结果当然是一些双键显示出电荷分配不均,有没有什么设置参数的方法或者其它改进的方法,来解决这一不可能完成的任务呢?

[ Last edited by zdhlover on 2009-11-28 at 13:49 ]
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lvyanniwin

木虫 (正式写手)

哦,我知道,没有参数就没得办法了,谢谢了!
6楼2009-03-09 08:48:51
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xuefei06

木虫 (正式写手)

你的意思是考虑电子运动,还是固定的点电荷分布,或者是变化的电荷分布呀
2楼2009-03-08 13:51:03
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recoli

金虫 (正式写手)

电荷分配不均是什么意思?力场优化的话不是每个原子上电荷是固定的么?
3楼2009-03-08 14:01:56
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lvyanniwin

木虫 (正式写手)

版主所说的不太明白,但就是直接再AMBER力场下,从insightII里面构建分子时,就在双键等一些地方显示出问号,推断是缺乏参数,所以想问下这时候有什么办法解决?
4楼2009-03-08 21:28:45
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