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lvyanniwin

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】如果一定要用AMBER力场来优化有机小分子,参数如何设置?

各位大侠好:
      由于课题需要,一定需要使用AMBER力场来优化有机小分子,结果当然是一些双键显示出电荷分配不均,有没有什么设置参数的方法或者其它改进的方法,来解决这一不可能完成的任务呢?

[ Last edited by zdhlover on 2009-11-28 at 13:49 ]
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lvyanniwin(金币+9,VIP+0):xiexie 3-9 08:48
应该是因为双键两头的原子全部或有一个是非常用原子吧,insightII和amber都是生物领域的软件,仅对生物体内存在的常用原子有较好的参数化,其它的像过渡元素等大多是没有参数的,你应该把你的情况再说明一下。有问号肯定是没有参数
个人博客:[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
5楼2009-03-08 22:39:13
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xuefei06

木虫 (正式写手)

你的意思是考虑电子运动,还是固定的点电荷分布,或者是变化的电荷分布呀
2楼2009-03-08 13:51:03
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recoli

金虫 (正式写手)

电荷分配不均是什么意思?力场优化的话不是每个原子上电荷是固定的么?
3楼2009-03-08 14:01:56
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lvyanniwin

木虫 (正式写手)

版主所说的不太明白,但就是直接再AMBER力场下,从insightII里面构建分子时,就在双键等一些地方显示出问号,推断是缺乏参数,所以想问下这时候有什么办法解决?
4楼2009-03-08 21:28:45
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