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muchong5577

金虫 (正式写手)

[交流] PCR的退火温度怎么选择

请问大家,PCR的退火温度一般是怎么确定的?
我想一次在一台PCR仪上扩下列片段,请问怎么确定一个统一的退火温度?
1. PCR产物长度1002bp、GC:70.7% ; P. 5.0 给出的最佳退火温度为67.5摄氏度。
2. 1089bp、70.5%;  66.7
3. 825bp、 70.1%;  67.3
4. 1170bp、70.4%;  65.4
5. 828bp、 64.6%;  63.8
6. 1938bp、68.4%;  66.0
7. 891bp、 72.8%;  66.7
8. 1206bp、67.2%;  65.3
9. 912bp、 72.3%;  66.9
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xmchen1015

银虫 (小有名气)


muchong5577(金币+1,VIP+0):谢谢 3-6 20:10
58C,如果是有模板的话,58C或再低一些都可以,其实退火温度不需要刻意去要求,一般的PCR,52-60C就可以全解决。
2楼2009-03-06 13:57:47
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aga0110125

银虫 (小有名气)


muchong5577(金币+1,VIP+0):谢谢 3-6 20:11
引物特异性够好的话,退火温度不是问题
3楼2009-03-06 14:04:42
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wmjiang

银虫 (小有名气)


muchong5577(金币+1,VIP+0):谢谢 3-6 20:11
GC:70.7% 含量太高了
60度吧
4楼2009-03-06 14:39:39
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muchong5577

金虫 (正式写手)

刚才跑胶得出的结果
九个只扩出来一个
5楼2009-03-07 15:31:13
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sail000000

铜虫 (小有名气)

GC含量太高了,退火温度太高了,都快到延伸温度了,60度左右差不多,不行的话你可以试试touch-down啊!
6楼2009-03-07 18:34:02
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