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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » PCR的退火温度怎么选择
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muchong5577

金虫 (正式写手)

[交流] PCR的退火温度怎么选择

请问大家，PCR的退火温度一般是怎么确定的？
我想一次在一台PCR仪上扩下列片段，请问怎么确定一个统一的退火温度？
1. PCR产物长度1002bp、GC：70.7% ； P. 5.0 给出的最佳退火温度为67.5摄氏度。
2. 1089bp、70.5%；  66.7
3. 825bp、 70.1%；  67.3
4. 1170bp、70.4%；  65.4
5. 828bp、 64.6%；  63.8
6. 1938bp、68.4%；  66.0
7. 891bp、 72.8%；  66.7
8. 1206bp、67.2%；  65.3
9. 912bp、 72.3%；  66.9
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1楼 2009-03-06 13:17:44
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sail000000

铜虫 (小有名气)
GC含量太高了，退火温度太高了，都快到延伸温度了，60度左右差不多，不行的话你可以试试touch-down啊！
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6楼2009-03-07 18:34:02
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xmchen1015

银虫 (小有名气)
★
muchong5577(金币+1,VIP+0):谢谢 3-6 20:10
58C，如果是有模板的话，58C或再低一些都可以，其实退火温度不需要刻意去要求，一般的PCR，52-60C就可以全解决。
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2楼2009-03-06 13:57:47
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aga0110125

银虫 (小有名气)
★
muchong5577(金币+1,VIP+0):谢谢 3-6 20:11
引物特异性够好的话，退火温度不是问题
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3楼2009-03-06 14:04:42
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wmjiang

银虫 (小有名气)
★
muchong5577(金币+1,VIP+0):谢谢 3-6 20:11
GC：70.7% 含量太高了
60度吧
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4楼2009-03-06 14:39:39
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