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kieael

新虫 (初入文坛)

[交流] 关于vina对接的问题,希望大家能帮我解决一下这个疑问,谢谢已有8人参与

使用vina对接后,将受体-配体复合物导入到ligplot中观察,发现配体受到多个氢键和疏水作用,构象结合情况很好,可是vina结果的得分却比较差(-5.4左右),比别的没有氢键作用的还要高不少,是什么原因呢?
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pl927

禁虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
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6楼2020-01-02 17:14:53
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hclwonder

新虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
没研究vina的打分函数是怎样的。但不是看起来interaction多的就一定好。首先多不等于强,可能都是比较弱的。其次小分子构象高能的话,是penalty,与受体有clash的话,是penalty。还有,不排除有没有显示出来的非经典interaction。最后,打分函数也不一定准,做个参考。

发自小木虫Android客户端
2楼2018-01-23 19:57:48
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花生花灭

新虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
请问我也是vina对接  导出来pdb  用ligplot看作用力出错  但是看蛋白原配体就没错  请问你是怎么导出来的  谢谢

发自小木虫IOS客户端
3楼2018-12-14 15:46:21
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zmcwangyang

铁杆木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by 花生花灭 at 2018-12-14 15:46:21
请问我也是vina对接  导出来pdb  用ligplot看作用力出错  但是看蛋白原配体就没错  请问你是怎么导出来的  谢谢

您好,请问ligplot软件可以分享一份给我吗?谢谢,1216722254@qq.com
4楼2019-12-09 22:00:48
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