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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 关于vina对接的问题，希望大家能帮我解决一下这个疑问，谢谢
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kieael

新虫 (初入文坛)

[交流] 关于vina对接的问题，希望大家能帮我解决一下这个疑问，谢谢 已有8人参与

使用vina对接后，将受体-配体复合物导入到ligplot中观察，发现配体受到多个氢键和疏水作用，构象结合情况很好，可是vina结果的得分却比较差（-5.4左右），比别的没有氢键作用的还要高不少，是什么原因呢？
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1楼 2018-01-23 18:09:52
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hclwonder

新虫 (正式写手)
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没研究vina的打分函数是怎样的。但不是看起来interaction多的就一定好。首先多不等于强，可能都是比较弱的。其次小分子构象高能的话，是penalty，与受体有clash的话，是penalty。还有，不排除有没有显示出来的非经典interaction。最后，打分函数也不一定准，做个参考。

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2楼2018-01-23 19:57:48
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花生花灭

新虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请问我也是vina对接  导出来pdb  用ligplot看作用力出错  但是看蛋白原配体就没错  请问你是怎么导出来的  谢谢

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3楼2018-12-14 15:46:21
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zmcwangyang

铁杆木虫 (著名写手)
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引用回帖:
3楼: Originally posted by 花生花灭 at 2018-12-14 15:46:21
请问我也是vina对接  导出来pdb  用ligplot看作用力出错  但是看蛋白原配体就没错  请问你是怎么导出来的  谢谢

您好，请问ligplot软件可以分享一份给我吗？谢谢，1216722254@qq.com
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4楼2019-12-09 22:00:48
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pl997

禁虫 (小有名气)
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5楼2019-12-31 16:11:05
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pl927

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6楼2020-01-02 17:14:53
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pl982

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7楼2020-01-04 11:09:50
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pl910

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8楼2020-01-06 16:49:29
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pl955

禁虫 (小有名气)
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9楼2020-01-08 16:54:00
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