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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】关于Sybyl中CoMFA的最佳主成分数问题
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战虎

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】关于Sybyl中CoMFA的最佳主成分数问题

我建立的CoMFA模型中，最佳主成分数为1，且交叉验证的R2为负值，想请教下可能是哪里出了问题呢？

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 13:03 ]
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1楼 2009-03-05 08:49:58
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a-cui

银虫 (正式写手)
★
yuhuobuku(金币+1):欢迎参加讨论
训练集分子的选择、叠合方式都会影响。这两个都影响很大的。
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2楼2009-03-05 09:41:23
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)
俺想问一下，训练集该如何选择？谢谢！
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3楼2009-03-05 09:45:36
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a-cui

银虫 (正式写手)
★ ★
xuefei06(金币+2,VIP+0):thanks！ 3-5 23:57
训练集主要是母核相不相同的问题。
母核相同时，可以基于母核结构叠合分子；目核差异大时，可以基于场叠合，如基于药效团叠合。
活性数据最理想的是同一次实验的数据，这样才有可比性。至少要药理模型相同吧。
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4楼2009-03-05 10:05:41
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战虎

金虫 (小有名气)
★
yuhuobuku(金币+1):欢迎参加讨论
我采用的是公共骨架叠合，感觉叠合的还可以，但是做出的模型咋就跟人差那么多呢 ，再怎么差也不至于R2为负值啊，搞不懂啊
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5楼2009-03-05 15:05:31
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zuoyinglin

铁杆木虫 (正式写手)
★
yuhuobuku(金币+1):欢迎参加讨论
好好研究一下教程，确认你没有操作错误。
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分享=快乐 交流=进步
6楼2009-03-05 17:20:19
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qinqin837

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by a-cui at 2009-3-5 10:05:
训练集主要是母核相不相同的问题。
母核相同时，可以基于母核结构叠合分子；目核差异大时，可以基于场叠合，如基于药效团叠合。
活性数据最理想的是同一次实验的数据，这样才有可比性。至少要药理模型相同吧。

我想问一下，场叠合是什么做的？我现在只会骨架叠合。
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我的ID叫qinqin837，但我不是83年7月生的哦，我没那么大……
7楼2009-03-27 14:53:44
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