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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 分子动力学模拟一个数据点要独立跑几次?
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issp-hao

银虫 (正式写手)

[求助] 分子动力学模拟一个数据点要独立跑几次? 已有2人参与

最近用分子动力学模拟方法投了篇文章，回来修改意见说，文章中没有说明一个数据点独立模拟的次数，想请问各位前辈，你们的分子动力学模拟的文章一个数据点都独立跑几次，看文献中一般都介绍先平衡多少步，然后产出阶段多少步，也没提到平衡和产出重复跑几次啊。这条意见应该怎么回复，还有你们都独立跑几次对于一个数据点，求建议。

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1楼 2018-01-12 17:10:05
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liao廖

金虫 (正式写手)

木虫
没有太大意义。分子动力学模拟的数据不同于实验测试数据会有测量误差，结果本身就是统计力学数据的叠加。如果不是体系不同和改变运行条件的话，多次跑的数据差异不会太大。

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2楼2018-01-12 17:17:39
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匿名

用户注销 (著名写手)
本帖仅楼主可见
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3楼2018-01-12 19:24:13
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awaken2013

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liao廖 at 2018-01-12 17:17:39
没有太大意义。分子动力学模拟的数据不同于实验测试数据会有测量误差，结果本身就是统计力学数据的叠加。如果不是体系不同和改变运行条件的话，多次跑的数据差异不会太大。
...

md本身有混沌效应 就算一样的参数跑 也不能重复的

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4楼2018-01-12 23:05:38
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awaken2013

铜虫 (小有名气)
通常的做法是多跑几次 如果10条轨迹中 想看见的现象出现5次 即可认为事件概率为50%  一般至少跑3次。

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5楼2018-01-12 23:07:05
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liao廖

金虫 (正式写手)

木虫
引用回帖:
4楼: Originally posted by awaken2013 at 2018-01-12 23:05:38
md本身有混沌效应 就算一样的参数跑 也不能重复的
...

混沌效应我听过。但是这种效应产生并不是完全由分子动力学本身造成的，和体系的初始构象与能量有关。如果体系的优化并没有达到最优的构象就开始跑动力学，那么每次跑的结果重现性会很差，和实验现象也难以吻合，尤其是某些大分子生物-溶液体系。但是采取某些退火或回火，PTMC等确立了最优的初始构象，重现性会好很多。

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走自己的路，让更多的人跟着不至于无路可走。
6楼2018-01-13 11:38:55
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
这个要具体问题具体分析。跑一次100纳秒和跑十次每次10纳秒对于有些问题是等价的。审稿人提问的关键是:你能否对你的计算结果给出一个误差估计？这才是最重要的。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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7楼2018-01-15 06:51:33
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
估计做出的数据图都没有给出标准误差之类的，属于不严谨的做法，有些审稿人就很反感
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8楼2018-01-15 16:51:33
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