| 查看: 1667 | 回复: 7 | |||
[求助]
分子动力学模拟一个数据点要独立跑几次? 已有2人参与
|
|
最近用分子动力学模拟方法投了篇文章，回来修改意见说，文章中没有说明一个数据点独立模拟的次数，想请问各位前辈，你们的分子动力学模拟的文章一个数据点都独立跑几次，看文献中一般都介绍先平衡多少步，然后产出阶段多少步，也没提到平衡和产出重复跑几次啊。这条意见应该怎么回复，还有你们都独立跑几次对于一个数据点，求建议。 发自小木虫Android客户端 |
回复此楼» 猜你喜欢
感觉是下周放榜了
已经有8人回复
-
filecode=后面第一个是大写字母
已经有10人回复
-
欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律
已经有81人回复
-
时间戳变了，能看出什么问题？
已经有4人回复
-
哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？
已经有15人回复
-
今天系统多次维护，明天很可能放榜！
已经有9人回复
-
时间戳又变了8-15
已经有25人回复
-
2027广东省杰青
已经有6人回复
-
快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。
已经有3人回复
-
咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否
已经有26人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
liao廖
金虫 (正式写手)
木虫
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 2467.4
- 红花: 4
- 帖子: 388
- 在线: 81.9小时
- 虫号: 4132954
- 注册: 2015-10-10
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
|
没有太大意义。分子动力学模拟的数据不同于实验测试数据会有测量误差，结果本身就是统计力学数据的叠加。如果不是体系不同和改变运行条件的话，多次跑的数据差异不会太大。 发自小木虫Android客户端 |
2楼2018-01-12 17:17:39
匿名 
用户注销 (著名写手)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 2788.2
- 散金: 28
- 红花: 11
- 帖子: 1474
- 在线: 231.4小时
- 虫号: 0
- 注册: 2012-08-11
- 性别: GG
- 专业: 流体力学
3楼2018-01-12 19:24:13
awaken2013
铜虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 2
- 应助: 26 (小学生)
- 金币: 137.9
- 红花: 15
- 帖子: 243
- 在线: 149.6小时
- 虫号: 2854550
- 注册: 2013-12-07
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
4楼2018-01-12 23:05:38
awaken2013
铜虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 2
- 应助: 26 (小学生)
- 金币: 137.9
- 红花: 15
- 帖子: 243
- 在线: 149.6小时
- 虫号: 2854550
- 注册: 2013-12-07
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
5楼2018-01-12 23:07:05
liao廖
金虫 (正式写手)
木虫
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 2467.4
- 红花: 4
- 帖子: 388
- 在线: 81.9小时
- 虫号: 4132954
- 注册: 2015-10-10
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
|
混沌效应我听过。但是这种效应产生并不是完全由分子动力学本身造成的，和体系的初始构象与能量有关。如果体系的优化并没有达到最优的构象就开始跑动力学，那么每次跑的结果重现性会很差，和实验现象也难以吻合，尤其是某些大分子生物-溶液体系。但是采取某些退火或回火，PTMC等确立了最优的初始构象，重现性会好很多。 发自小木虫Android客户端 |
6楼2018-01-13 11:38:55
brucefan
专家顾问 (著名写手)
-
专家经验: +218 - 模拟EPI: 4
- 应助: 422 (硕士)
- 金币: 2294.8
- 散金: 1720
- 红花: 88
- 帖子: 1423
- 在线: 670.2小时
- 虫号: 3048965
- 注册: 2014-03-14
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
- 管辖: 分子模拟
7楼2018-01-15 06:51:33
赵红霞
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 73 (初中生)
- 金币: 5866.9
- 散金: 141
- 红花: 33
- 帖子: 1541
- 在线: 701.3小时
- 虫号: 1544094
- 注册: 2011-12-20
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
8楼2018-01-15 16:51:33
