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分子动力学模拟一个数据点要独立跑几次? 已有2人参与
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最近用分子动力学模拟方法投了篇文章，回来修改意见说，文章中没有说明一个数据点独立模拟的次数，想请问各位前辈，你们的分子动力学模拟的文章一个数据点都独立跑几次，看文献中一般都介绍先平衡多少步，然后产出阶段多少步，也没提到平衡和产出重复跑几次啊。这条意见应该怎么回复，还有你们都独立跑几次对于一个数据点，求建议。 发自小木虫Android客户端 |
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没有太大意义。分子动力学模拟的数据不同于实验测试数据会有测量误差，结果本身就是统计力学数据的叠加。如果不是体系不同和改变运行条件的话，多次跑的数据差异不会太大。 发自小木虫Android客户端 |
2楼2018-01-12 17:17:39
匿名 
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3楼2018-01-12 19:24:13
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5楼2018-01-12 23:07:05
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混沌效应我听过。但是这种效应产生并不是完全由分子动力学本身造成的，和体系的初始构象与能量有关。如果体系的优化并没有达到最优的构象就开始跑动力学，那么每次跑的结果重现性会很差，和实验现象也难以吻合，尤其是某些大分子生物-溶液体系。但是采取某些退火或回火，PTMC等确立了最优的初始构象，重现性会好很多。 发自小木虫Android客户端 |
6楼2018-01-13 11:38:55
brucefan
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7楼2018-01-15 06:51:33
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