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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 大气颗粒物真菌DNA提取问题，试剂盒还是手提
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thug

新虫 (小有名气)

[求助] 大气颗粒物真菌DNA提取问题，试剂盒还是手提 已有2人参与

请问有没有前辈们知道提取大气中的DNA什么方法提取的更多？我们打算研究大气中真菌的种群分布特征，想用高通量测序的方法，可是DNA提取成了一个难点，我提取的面积得有100多平方厘米了，采的又是TSP，可是用MPMobio 试剂盒提取的浓度还不到10ng/μl。求指教!感激不尽！

@天使托 发自小木虫Android客户端
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1楼 2017-12-24 17:58:27
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thug

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by snoopytbw at 2017-12-24 18:05:21
本来DNA含量就很低，而且很多都是碎片呀

请问您提取过吗？我问过测序公司，他们说最低含量要大于10才能做PCR的，我看文献中他们提取的也都大于10，不知道问题出在了哪里

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3楼2017-12-24 18:32:33
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普通回帖

snoopytbw

荣誉版主 (著名写手)
本来DNA含量就很低，而且很多都是碎片呀

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2楼2017-12-24 18:05:21
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yubeihong

铁杆木虫 (职业作家)
采集方法不对吧

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4楼2017-12-24 19:01:53
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thug

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yubeihong at 2017-12-24 19:01:53
采集方法不对吧

我用的是大流量采样器，用的石英滤膜采的TSP，48小时，请问您提过DNA吗？能否指教一下呢

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5楼2017-12-24 20:51:20
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lm880729

新虫 (初入文坛)
可以试试天津兰瑞的微量基因组提取试剂盒，之前我们提取尿液中的真菌细菌DNA，用pcr方法检测感染的。菌体含量很低，提取效果还可以。说明书上写的最低提取限度是4cfu/ml。你也可以试试。

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6楼2017-12-24 23:29:59
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snoopytbw

荣誉版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
3楼: Originally posted by thug at 2017-12-24 18:32:33
请问您提取过吗？我问过测序公司，他们说最低含量要大于10才能做PCR的，我看文献中他们提取的也都大于10，不知道问题出在了哪里
...

测序公司用的是通用16s的多重引物组，其实10以下完全可以做了，你让他们风险扩增吧。平时的qPCR那个样品要求要10ng的哦。有很多都做不到，如果扩一次不够，可以要求扩2次的，后续的分析都一样
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7楼2017-12-25 09:55:41
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snoopytbw

荣誉版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by thug at 2017-12-24 20:51:20
我用的是大流量采样器，用的石英滤膜采的TSP，48小时，请问您提过DNA吗？能否指教一下呢
...

你换个膜试试，其实中流的就够用了。完全可以做的。DNA提取一点难度没有啊，应该不是什么问题，你买土壤微生物提取试剂盒试试，罗氏的，目前国际上最好的一款了。就是有点复杂
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8楼2017-12-25 09:57:31
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thug

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by lm880729 at 2017-12-24 23:29:59
可以试试天津兰瑞的微量基因组提取试剂盒，之前我们提取尿液中的真菌细菌DNA，用pcr方法检测感染的。菌体含量很低，提取效果还可以。说明书上写的最低提取限度是4cfu/ml。你也可以试试。
...

你们最后做出来了吗

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9楼2017-12-25 11:51:43
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thug

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by snoopytbw at 2017-12-25 09:57:31
你换个膜试试，其实中流的就够用了。完全可以做的。DNA提取一点难度没有啊，应该不是什么问题，你买土壤微生物提取试剂盒试试，罗氏的，目前国际上最好的一款了。就是有点复杂...

大多文献都是用石英滤膜采的，用的试剂盒很多也是MP的，别人提的浓度就很高，而我提取的就那么点，请问您做过DNA提取的实验吗,CTAB法怎么样呢

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10楼2017-12-25 11:55:22
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