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thug

新虫 (小有名气)

[求助] 大气颗粒物真菌DNA提取问题,试剂盒还是手提 已有2人参与

请问有没有前辈们知道提取大气中的DNA什么方法提取的更多?我们打算研究大气中真菌的种群分布特征,想用高通量测序的方法,可是DNA提取成了一个难点,我提取的面积得有100多平方厘米了,采的又是TSP,可是用MPMobio 试剂盒提取的浓度还不到10ng/μl。求指教!感激不尽!

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thug

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by snoopytbw at 2017-12-24 18:05:21
本来DNA含量就很低,而且很多都是碎片呀

请问您提取过吗?我问过测序公司,他们说最低含量要大于10才能做PCR的,我看文献中他们提取的也都大于10,不知道问题出在了哪里

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3楼2017-12-24 18:32:33
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普通回帖

snoopytbw

荣誉版主 (著名写手)

本来DNA含量就很低,而且很多都是碎片呀

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2楼2017-12-24 18:05:21
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yubeihong

铁杆木虫 (职业作家)


4楼2017-12-24 19:01:53
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thug

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by yubeihong at 2017-12-24 19:01:53
采集方法不对吧

我用的是大流量采样器,用的石英滤膜采的TSP,48小时,请问您提过DNA吗?能否指教一下呢

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5楼2017-12-24 20:51:20
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lm880729

新虫 (初入文坛)

可以试试天津兰瑞的微量基因组提取试剂盒,之前我们提取尿液中的真菌细菌DNA,用pcr方法检测感染的。菌体含量很低,提取效果还可以。说明书上写的最低提取限度是4cfu/ml。你也可以试试。

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6楼2017-12-24 23:29:59
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snoopytbw

荣誉版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
3楼: Originally posted by thug at 2017-12-24 18:32:33
请问您提取过吗?我问过测序公司,他们说最低含量要大于10才能做PCR的,我看文献中他们提取的也都大于10,不知道问题出在了哪里
...

测序公司用的是通用16s的多重引物组,其实10以下完全可以做了,你让他们风险扩增吧。平时的qPCR那个样品要求要10ng的哦。有很多都做不到,如果扩一次不够,可以要求扩2次的,后续的分析都一样
7楼2017-12-25 09:55:41
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snoopytbw

荣誉版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by thug at 2017-12-24 20:51:20
我用的是大流量采样器,用的石英滤膜采的TSP,48小时,请问您提过DNA吗?能否指教一下呢
...

你换个膜试试,其实中流的就够用了。完全可以做的。DNA提取一点难度没有啊,应该不是什么问题,你买土壤微生物提取试剂盒试试,罗氏的,目前国际上最好的一款了。就是有点复杂
8楼2017-12-25 09:57:31
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thug

新虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by lm880729 at 2017-12-24 23:29:59
可以试试天津兰瑞的微量基因组提取试剂盒,之前我们提取尿液中的真菌细菌DNA,用pcr方法检测感染的。菌体含量很低,提取效果还可以。说明书上写的最低提取限度是4cfu/ml。你也可以试试。
...

你们最后做出来了吗

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9楼2017-12-25 11:51:43
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thug

新虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by snoopytbw at 2017-12-25 09:57:31
你换个膜试试,其实中流的就够用了。完全可以做的。DNA提取一点难度没有啊,应该不是什么问题,你买土壤微生物提取试剂盒试试,罗氏的,目前国际上最好的一款了。就是有点复杂...

大多文献都是用石英滤膜采的,用的试剂盒很多也是MP的,别人提的浓度就很高,而我提取的就那么点,请问您做过DNA提取的实验吗,CTAB法怎么样呢

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10楼2017-12-25 11:55:22
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