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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 晶体解析绝对构型判断
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xuxiongbin2002

木虫 (正式写手)

[求助] 晶体解析绝对构型判断 已有3人参与

各位大神，我们最近做了一个单晶衍射，做完之后解析出来的构型是S型，但是根据反应机理推测是R构型，我们确认反应原料没有问题，反应也没有问题，根据现有证据我们很确定应该是R构型，所以对这个单晶衍射给出的S构型结果比较怀疑，但是我对单晶衍射这一块也不懂，以下是这个单晶衍射的数据，做单晶衍射的人说化合物绝对结构参数一般。由于化合物结晶单元原子个数非常多，非氢原子将近180个。解析很困难。因此解析后期外界溶剂分子进行了squeeze处理。请大神指点一下，有没有可能是单晶衍射给出的结论不对？这个结果对我们非常重要，谢谢！
Table 1.  Crystal data and structure refinement for T.
Identification code         T
Empirical formula         C30 H28 F N6 O2
Formula weight         523.58
Temperature         100(2) K
Wavelength         1.54178 Å
Crystal system         Monoclinic
Space group         P21
Unit cell dimensions        a = 10.7497(4) Å        = 90°.
        b = 20.6670(8) Å        = 101.176(2)°.
        c = 27.7242(12) Å         = 90°.
Volume        6042.5(4) Å3
Z        8
Density (calculated)        1.151 Mg/m3
Absorption coefficient        0.643 mm-1
F(000)        2200
Crystal size        0.160 x 0.120 x 0.100 mm3
Theta range for data collection        1.624 to 65.753°.
Index ranges        -11<=h<=11, -23<=k<=24, -32<=l<=31
Reflections collected        18764
Independent reflections        18764 [R(int) = 0.0862]
Completeness to theta = 65.753°        97.0 %
Absorption correction        None
Refinement method        Full-matrix least-squares on F2
Data / restraints / parameters        18764 / 170 / 1404
Goodness-of-fit on F2        1.699
Final R indices [I>2sigma(I)]        R1 = 0.1473, wR2 = 0.3676
R indices (all data)        R1 = 0.1607, wR2 = 0.3908
Absolute structure parameter        0.17(19)
Extinction coefficient        n/a
Largest diff. peak and hole        0.836 and -0.791 e.&Aring;-3
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1楼 2017-12-14 16:59:52
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DJ_Tokyo

新虫 (知名作家)
我也是初学者，不对之处还请大神指正。

楼主的Flack参数应该就是下面的：

Absolute structure parameter        0.17(19)

0.17与0相比相差较远，应该就是所谓的结构参数一般的意思吧
晶体解析绝对构型判断
1.png
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2楼2017-12-14 18:02:31
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xp2012808

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xuxiongbin2002: 金币+5, ★★★很有帮助 2017-12-27 21:14:28
要根据flack因子判断，可能需要做构型翻转

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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^_^不要生气||要争气，不要看破||要突破，不要嫉妒||要欣赏，不要托延||要积极，不要心动||要行动^_^
3楼2017-12-14 22:07:30
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DJ_Tokyo

新虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xuxiongbin2002: 金币+5, ★★★很有帮助 2017-12-27 21:14:20
楼主可以在cif中搜索“Flack”，即可找到Flack参数，比如如图所示，该数据的Flack为0.00，即表示该数据的绝对构型是正确的。
晶体解析绝对构型判断-1
1.png
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4楼2017-12-15 08:21:08
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匿名

用户注销 (知名作家)

精修问题可私信
★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xuxiongbin2002: 金币+5, ★★★很有帮助 2017-12-27 21:14:12
xuxiongbin2002: 回帖置顶 2017-12-27 21:15:56
本帖仅楼主可见
赞一下
5楼2017-12-15 09:42:33
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xuxiongbin2002

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xp2012808 at 2017-12-14 22:07:30
要根据flack因子判断，可能需要做构型翻转

你好，能帮忙根据数据看一下绝对构型吗？如果可以，我将单晶数据发给你，谢谢了！
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6楼2017-12-27 21:24:50
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是太阳花呀

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by DJ_Tokyo at 2017-12-14 18:02:31
我也是初学者，不对之处还请大神指正。

楼主的Flack参数应该就是下面的：

Absolute structure parameter        0.17(19)

0.17与0相比相差较远，应该就是所谓的结构参数一般的意思吧

1.png
...

你好，请问我解析得到的结构Flack值0.47这个值有什么意义呢？
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7楼2018-03-20 09:23:05
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是太阳花呀

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xp2012808 at 2017-12-14 22:07:30
要根据flack因子判断，可能需要做构型翻转

请问Flack0.47该怎么做呢?这个数值有意义吗？
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8楼2018-03-20 09:24:14
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