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第六日786

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】使用何种软件模拟蛋白质?

各位达人,我要模拟一个蛋白质晶体内部蛋白质分子与水的存在状态,请问使用何种软件合适?要注意哪些方面?

[ Last edited by zdhlover on 2009-11-24 at 13:06 ]
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erylingjet

铁杆木虫 (著名写手)


xuefei06(金币+1,VIP+0):thanks! 2-26 23:17
各个论坛要多转转,可能做你这个的不多
2楼2009-02-26 15:57:34
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)

★ ★
jghe(金币+1,VIP+0):感谢你参与讨论! 2-26 20:31
第六日786(金币+1,VIP+0):谢谢 3-2 17:15
GRID?

www.moldiscovery.com 上看一下,上面似乎提到一篇论文。

以前这个软件是免费使用的,现在也收费了,…………………………………………
3楼2009-02-26 18:10:07
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Ben9908

银虫 (著名写手)

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 2-28 11:43
蛋白质、核酸以及小的有机分子用amber进行动力学模拟比较好,因为它的力场很适合这些体系
4楼2009-02-28 07:44:23
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★
yuhuobuku(金币+2):欢迎参加讨论
gromacs,namd 都是在蛋白质模拟领域大量使用的免费分子动力学软件。amber 也可以。可以到http://www.mdbbs.org/bbs.php 看看。
insightII 也有人在用,据说售价要百万大洋,我没有用过。
其他的模拟工具是鸡肋。
5楼2009-03-01 12:43:15
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半支烟5591

银虫 (正式写手)

专家



xuefei06(金币+1,VIP+0):thanks! 3-1 23:24
蛋白质分子可能有点大,采用分子力学方法吧!
6楼2009-03-01 19:04:58
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xuefei06

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
yuhuobuku(金币+3):欢迎参加讨论
有很多软件可以用,amber,lammps,gromacs,namd,等等建议你多看些跟你研究相关的文献,看别人用什么软件,最重要的是看它用的什么模型和力场参数。
7楼2009-03-01 23:28:27
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dolphin100

木虫 (正式写手)


yuhuobuku(金币+1,VIP+0):欢迎参加讨论 3-4 17:48
insightII
Constanteffortscanyieldsuresuccess!
8楼2009-03-04 13:20:53
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superdirac

木虫 (正式写手)


xuefei06(金币+1,VIP+0):thanks! 3-21 21:35
  蛋白质晶体内部蛋白质分子与水的存在状态!!


   用namd吧!
 namd的好处在于,并行化的程度可以很高!别的软件做不到.还有很多用于分析的脚本,愿意的话自己也可以写.

[ Last edited by superdirac on 2009-3-21 at 20:33 ]
我认为,酒一口一口喝,路一步一步走~步子迈大了,喀~容易扯着蛋
9楼2009-03-21 20:32:08
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老虎大王

木虫 (著名写手)


xuefei06(金币+1,VIP+0):thanks! 3-21 21:35
推荐gromacs,namd,tinker,这些都是处理大分子的。 还有一个MD软件叫DLprotein,听名字就是对付蛋白质的,它原来是跟DLPOLY一起发布的,不过好像现在不开发了。
10楼2009-03-21 20:41:50
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