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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】使用何种软件模拟蛋白质？
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第六日786

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】使用何种软件模拟蛋白质？

各位达人，我要模拟一个蛋白质晶体内部蛋白质分子与水的存在状态，请问使用何种软件合适？要注意哪些方面？

[ Last edited by zdhlover on 2009-11-24 at 13:06 ]
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1楼 2009-02-26 15:45:48
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erylingjet

铁杆木虫 (著名写手)
★
xuefei06(金币+1,VIP+0):thanks！ 2-26 23:17
各个论坛要多转转,可能做你这个的不多
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2楼2009-02-26 15:57:34
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
jghe(金币+1,VIP+0):感谢你参与讨论！ 2-26 20:31
第六日786(金币+1,VIP+0):谢谢 3-2 17:15
GRID？

去 www.moldiscovery.com 上看一下，上面似乎提到一篇论文。

以前这个软件是免费使用的，现在也收费了，…………………………………………
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3楼2009-02-26 18:10:07
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Ben9908

银虫 (著名写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 2-28 11:43
蛋白质、核酸以及小的有机分子用amber进行动力学模拟比较好，因为它的力场很适合这些体系
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4楼2009-02-28 07:44:23
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
yuhuobuku(金币+2):欢迎参加讨论
gromacs，namd 都是在蛋白质模拟领域大量使用的免费分子动力学软件。amber 也可以。可以到http://www.mdbbs.org/bbs.php 看看。
insightII 也有人在用，据说售价要百万大洋，我没有用过。
其他的模拟工具是鸡肋。
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5楼2009-03-01 12:43:15
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半支烟5591

铜虫 (正式写手)

专家
★
xuefei06(金币+1,VIP+0):thanks！ 3-1 23:24
蛋白质分子可能有点大，采用分子力学方法吧！
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6楼2009-03-01 19:04:58
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xuefei06

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
yuhuobuku(金币+3):欢迎参加讨论
有很多软件可以用，amber，lammps，gromacs，namd，等等建议你多看些跟你研究相关的文献，看别人用什么软件，最重要的是看它用的什么模型和力场参数。
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7楼2009-03-01 23:28:27
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dolphin100

木虫 (正式写手)
★
yuhuobuku(金币+1,VIP+0):欢迎参加讨论 3-4 17:48
insightII
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Constanteffortscanyieldsuresuccess!
8楼2009-03-04 13:20:53
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superdirac

木虫 (正式写手)
★
xuefei06(金币+1,VIP+0):thanks！ 3-21 21:35
　　蛋白质晶体内部蛋白质分子与水的存在状态!!


   用namd吧！
　namd的好处在于，并行化的程度可以很高！别的软件做不到．还有很多用于分析的脚本，愿意的话自己也可以写．

[ Last edited by superdirac on 2009-3-21 at 20:33 ]
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
9楼2009-03-21 20:32:08
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★
xuefei06(金币+1,VIP+0):thanks！ 3-21 21:35
推荐gromacs，namd，tinker，这些都是处理大分子的。 还有一个MD软件叫DLprotein，听名字就是对付蛋白质的，它原来是跟DLPOLY一起发布的，不过好像现在不开发了。
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10楼2009-03-21 20:41:50
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