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gromacs-5.1.4在Ubuntu 16.04LTS服务器GPU和CPU安装全过程 已有5人参与
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gromacs的安装 过程准备工作:： ************************************************************************************* 先确认 g++ mpirun mpicc是否安装 分别输入 which gcc which g++ which mpirun which mpicc 假装都没有安装，那么在root下输入下面的命令进行安装： sudo apt-get install cmake* sudo apt-get install gcc sudo apt-get install g++ sudo apt-get install mpi-default-* sudo apt-get install libfftw3* sudo apt-get install openmpi* ************************************************************************************* 查看是否安装NVIDIA显卡： lspci | grep -i nvidia 显示结果： 02:00.0 VGA compatible controller: NVIDIA Corporation GK107GL [Quadro K420] (rev a1) 02:00.1 Audio device: NVIDIA Corporation GK107 HDMI Audio Controller (rev a1) 81:00.0 3D controller: NVIDIA Corporation GK110GL [Tesla K20c] (rev a1) #这个是GPU计算卡 ************************************************************************************* 查看当前操作系统至少要那个版本才能支持CUDA,（主要是看是64位还是32位的）： uname -m && cat /etc/*release 显示结果： x86_64 DISTRIB_ID=Ubuntu DISTRIB_RELEASE=16.04 DISTRIB_CODENAME=xenial DISTRIB_DESCRIPTION="Ubuntu 16.04.3 LTS" NAME="Ubuntu" VERSION="16.04.3 LTS (Xenial Xerus)" ID=ubuntu ID_LIKE=debian PRETTY_NAME="Ubuntu 16.04.3 LTS" VERSION_ID="16.04" HOME_URL="http://www.ubuntu.com/" SUPPORT_URL="http://help.ubuntu.com/" BUG_REPORT_URL="http://bugs.launchpad.net/ubuntu/" VERSION_CODENAME=xenial UBUNTU_CODENAME=xenial ************************************************************************************* 查看GCC版本： gcc --version 显示结果： gcc (Ubuntu 5.4.0-6ubuntu1~16.04.5) 5.4.0 20160609 ************************************************************************************* 下载 nvidia 的驱动包： 具体地址：http://www.nvidia.com/download/driverResults.aspx/124729/en-us 我的系统是 Version:384.81 Release Date:2017.9.25 Operating System:Linux 64-bit Ubuntu 16.04 Language:English (US) File Size:97.43 MB 我选的版本是 384.81，可以直接下载： nvidia-diag-driver-local-repo-ubuntu1604-384.81_1.0-1_amd64.deb dpkg -i nvidia-diag-driver-local-repo-ubuntu1604-384.81_1.0-1_amd64.deb apt-key add /var/nvidia-diag-driver-local-repo-ubuntu1604-384.81/7fa2af80.pub 下载nvidia cuda的安装包（我的是x86_64的ubuntu 16.04 系统，从地址选择具体的版本 https://developer.nvidia.com/cuda-downloads） 具体地址是：https://developer.nvidia.com/cud ... target_version=1604 把对应的版本下载下来，选择本地安装： dpkg -i cuda-repo-ubuntu1604-9-0-local_9.0.176-1_amd64.deb apt-key add /var/cuda-repo-9-0-local/7fa2af80.pub apt-get update apt-get install cuda apt install nvidia-cuda-toolkit 查看nvcc编译器的版本，即验证cuda toolkit是否成功： nvcc -V i 显示结果： nvcc: NVIDIA (R) Cuda compiler driver Copyright (c) 2005-2015 NVIDIA Corporation Built on Tue_Aug_11_14:27:32_CDT_2015 Cuda compilation tools, release 7.5, V7.5.17 安装gromacs的CPU版本： tar xfz gromacs-5.1.4.tar.gz cd gromacs-5.1.4 mkdir build-cpu cd build-cpu cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON -DGMX_MPI=on -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/ruanjian/gromacs-cpu 结果显示： -- Configuring done -- Generating done -- Build files have been written to: /usr/local/gromacs-5.1.4/build-cpu 接着输入命令： make make check sudo make install source /usr/local/ruanjian/gromacs-cpu/bin/GMXRC 即可完成安装，安装完成后设置环境变量 sudo vim /etc/profile #在文件中加入如下内容 export PATH=/usr/local/ruanjian/gromacs-cpu/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/ruanjian/gromacs-cpu/lib:$LD_LIBRARY_PATH #关闭文件后执行 source /etc/profile 那么CPU并行版的gromacs就安装好了，安装目录在 /usr/local/ruanjian/gromacs-cpu 在其他目录下可以直接输入 gmx_mpi 的后续命令了。 可以查看具体的安装目录： which gmx_mpi 结果显示： /usr/local/ruanjian/gromacs-cpu/bin/gmx_mpi ************************************************************************************* ************************************************************************************* ************************************************************************************* ************************************************************************************* 安装gromacs的GPU版本： tar xfz gromacs-5.1.4.tar.gz cd gromacs-5.1.4 mkdir build-gpu cd build-gpu cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON -DGMX_GPU=on -DGMX_USE_OPENCL=on -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/ruanjian/gromacs-gpu 结果显示： -- Configuring done -- Generating done -- Build files have been written to: /usr/local/gromacs-5.1.4/build-gpu 接着输入命令： make make check sudo make install source /usr/local/ruanjian/gromacs-gpu/bin/GMXRC 安装完成后设置环境变量 sudo vim /etc/profile #在文件中加入如下内容 export PATH=/usr/local/ruanjian/gromacs-gpu/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/ruanjian/gromacs-gpu/lib:$LD_LIBRARY_PATH #关闭文件后执行 source /etc/profile 那么GPU版的gromacs就安装好了，安装目录在 /usr/local/ruanjian/gromacs-gpu 在其他目录下可以直接输入 gmx 的后续命令了。 查看gmx安装目录： which gmx 结果显示： /usr/local/ruanjian/gromacs-gpu/bin/gmx ************************************************************************************* ************************************************************************************* ************************************************************************************* ************************************************************************************* ubuntu系统下查看机器的硬件信息： 查看内存，输入： free -m 结果显示： total used free shared buff/cache available Mem: 128811 1005 115667 1001 12138 125942 Swap: 28609 0 28609 Mem 后，total下面即为总内存大小。 查看硬盘，输入： df 结果显示： Filesystem 1K-blocks Used Available Use% Mounted on udev 65933104 0 65933104 0% /dev tmpfs 13190296 1033668 12156628 8% /run /dev/sdb1 19091584 6064112 12034604 34% / tmpfs 65951464 0 65951464 0% /dev/shm tmpfs 5120 0 5120 0% /run/lock tmpfs 65951464 0 65951464 0% /sys/fs/cgroup /dev/sda1 246002848 2372412 231111168 2% /usr/local /dev/sdb3 464808 69119 367171 16% /boot /dev/sdb4 1874188252 3148952 1775813036 1% /home tmpfs 13190296 0 13190296 0% /run/user/1000 查看CPU信息，输入： cat /proc/cpuinfo 可以显示有多少核CPU可以使用。 我的科学网地址： http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=3675&do=blog&id=1087553 |
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9楼2018-03-23 17:40:50
谢谢分享 发自小木虫Android客户端 |
2楼2017-12-03 22:13:42
送红花一朵
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3楼2017-12-13 06:05:18
hezhancong
新虫 (初入文坛)
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4楼2018-01-10 10:16:18