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[交流]
gromacs-5.1.4在Ubuntu 16.04LTS服务器GPU和CPU安装全过程 已有5人参与
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gromacs的安装 过程准备工作:： ************************************************************************************* 先确认 g++ mpirun mpicc是否安装 分别输入 which gcc which g++ which mpirun which mpicc 假装都没有安装，那么在root下输入下面的命令进行安装： sudo apt-get install cmake* sudo apt-get install gcc sudo apt-get install g++ sudo apt-get install mpi-default-* sudo apt-get install libfftw3* sudo apt-get install openmpi* ************************************************************************************* 查看是否安装NVIDIA显卡： lspci | grep -i nvidia 显示结果： 02:00.0 VGA compatible controller: NVIDIA Corporation GK107GL [Quadro K420] (rev a1) 02:00.1 Audio device: NVIDIA Corporation GK107 HDMI Audio Controller (rev a1) 81:00.0 3D controller: NVIDIA Corporation GK110GL [Tesla K20c] (rev a1) #这个是GPU计算卡 ************************************************************************************* 查看当前操作系统至少要那个版本才能支持CUDA,（主要是看是64位还是32位的）： uname -m && cat /etc/*release 显示结果： x86_64 DISTRIB_ID=Ubuntu DISTRIB_RELEASE=16.04 DISTRIB_CODENAME=xenial DISTRIB_DESCRIPTION="Ubuntu 16.04.3 LTS" NAME="Ubuntu" VERSION="16.04.3 LTS (Xenial Xerus)" ID=ubuntu ID_LIKE=debian PRETTY_NAME="Ubuntu 16.04.3 LTS" VERSION_ID="16.04" HOME_URL="http://www.ubuntu.com/" SUPPORT_URL="http://help.ubuntu.com/" BUG_REPORT_URL="http://bugs.launchpad.net/ubuntu/" VERSION_CODENAME=xenial UBUNTU_CODENAME=xenial ************************************************************************************* 查看GCC版本： gcc --version 显示结果： gcc (Ubuntu 5.4.0-6ubuntu1~16.04.5) 5.4.0 20160609 ************************************************************************************* 下载 nvidia 的驱动包： 具体地址：http://www.nvidia.com/download/driverResults.aspx/124729/en-us 我的系统是 Version:384.81 Release Date:2017.9.25 Operating System:Linux 64-bit Ubuntu 16.04 Language:English (US) File Size:97.43 MB 我选的版本是 384.81，可以直接下载： nvidia-diag-driver-local-repo-ubuntu1604-384.81_1.0-1_amd64.deb dpkg -i nvidia-diag-driver-local-repo-ubuntu1604-384.81_1.0-1_amd64.deb apt-key add /var/nvidia-diag-driver-local-repo-ubuntu1604-384.81/7fa2af80.pub 下载nvidia cuda的安装包（我的是x86_64的ubuntu 16.04 系统，从地址选择具体的版本 https://developer.nvidia.com/cuda-downloads） 具体地址是：https://developer.nvidia.com/cud ... target_version=1604 把对应的版本下载下来，选择本地安装： dpkg -i cuda-repo-ubuntu1604-9-0-local_9.0.176-1_amd64.deb apt-key add /var/cuda-repo-9-0-local/7fa2af80.pub apt-get update apt-get install cuda apt install nvidia-cuda-toolkit 查看nvcc编译器的版本，即验证cuda toolkit是否成功： nvcc -V i 显示结果： nvcc: NVIDIA (R) Cuda compiler driver Copyright (c) 2005-2015 NVIDIA Corporation Built on Tue_Aug_11_14:27:32_CDT_2015 Cuda compilation tools, release 7.5, V7.5.17 安装gromacs的CPU版本： tar xfz gromacs-5.1.4.tar.gz cd gromacs-5.1.4 mkdir build-cpu cd build-cpu cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON -DGMX_MPI=on -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/ruanjian/gromacs-cpu 结果显示： -- Configuring done -- Generating done -- Build files have been written to: /usr/local/gromacs-5.1.4/build-cpu 接着输入命令： make make check sudo make install source /usr/local/ruanjian/gromacs-cpu/bin/GMXRC 即可完成安装，安装完成后设置环境变量 sudo vim /etc/profile #在文件中加入如下内容 export PATH=/usr/local/ruanjian/gromacs-cpu/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/ruanjian/gromacs-cpu/lib:$LD_LIBRARY_PATH #关闭文件后执行 source /etc/profile 那么CPU并行版的gromacs就安装好了，安装目录在 /usr/local/ruanjian/gromacs-cpu 在其他目录下可以直接输入 gmx_mpi 的后续命令了。 可以查看具体的安装目录： which gmx_mpi 结果显示： /usr/local/ruanjian/gromacs-cpu/bin/gmx_mpi ************************************************************************************* ************************************************************************************* ************************************************************************************* ************************************************************************************* 安装gromacs的GPU版本： tar xfz gromacs-5.1.4.tar.gz cd gromacs-5.1.4 mkdir build-gpu cd build-gpu cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON -DGMX_GPU=on -DGMX_USE_OPENCL=on -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/ruanjian/gromacs-gpu 结果显示： -- Configuring done -- Generating done -- Build files have been written to: /usr/local/gromacs-5.1.4/build-gpu 接着输入命令： make make check sudo make install source /usr/local/ruanjian/gromacs-gpu/bin/GMXRC 安装完成后设置环境变量 sudo vim /etc/profile #在文件中加入如下内容 export PATH=/usr/local/ruanjian/gromacs-gpu/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/ruanjian/gromacs-gpu/lib:$LD_LIBRARY_PATH #关闭文件后执行 source /etc/profile 那么GPU版的gromacs就安装好了，安装目录在 /usr/local/ruanjian/gromacs-gpu 在其他目录下可以直接输入 gmx 的后续命令了。 查看gmx安装目录： which gmx 结果显示： /usr/local/ruanjian/gromacs-gpu/bin/gmx ************************************************************************************* ************************************************************************************* ************************************************************************************* ************************************************************************************* ubuntu系统下查看机器的硬件信息： 查看内存，输入： free -m 结果显示： total used free shared buff/cache available Mem: 128811 1005 115667 1001 12138 125942 Swap: 28609 0 28609 Mem 后，total下面即为总内存大小。 查看硬盘，输入： df 结果显示： Filesystem 1K-blocks Used Available Use% Mounted on udev 65933104 0 65933104 0% /dev tmpfs 13190296 1033668 12156628 8% /run /dev/sdb1 19091584 6064112 12034604 34% / tmpfs 65951464 0 65951464 0% /dev/shm tmpfs 5120 0 5120 0% /run/lock tmpfs 65951464 0 65951464 0% /sys/fs/cgroup /dev/sda1 246002848 2372412 231111168 2% /usr/local /dev/sdb3 464808 69119 367171 16% /boot /dev/sdb4 1874188252 3148952 1775813036 1% /home tmpfs 13190296 0 13190296 0% /run/user/1000 查看CPU信息，输入： cat /proc/cpuinfo 可以显示有多少核CPU可以使用。 我的科学网地址： http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=3675&do=blog&id=1087553 |
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2楼2017-12-03 22:13:42
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3楼2017-12-13 06:05:18
hezhancong
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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十分感谢您的回复，同时很抱歉没有仔细描述清楚。 我遇到的问题是mdrun时无法并行计算只能串行，我的操作系统是CentOS6.2的Rocks6.0系统，gromacs版本是： NNODES=1, MYRANK=0, HOSTNAME=cluster :-) G R O M A C S (-: Great Red Owns Many ACres of Sand :-) VERSION 4.5.4 (-: Written by Emile Apol, Rossen Apostolov, Herman J.C. Berendsen, Aldert van Buuren, Pär Bjelkmar, Rudi van Drunen, Anton Feenstra, Gerrit Groenhof, Peter Kasson, Per Larsson, Pieter Meulenhoff, Teemu Murtola, Szilard Pall, Sander Pronk, Roland Schulz, Michael Shirts, Alfons Sijbers, Peter Tieleman, Berk Hess, David van der Spoel, and Erik Lindahl. Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands. Copyright (c) 2001-2010, The GROMACS development team at Uppsala University & The Royal Institute of Technology, Sweden. check out http://www.gromacs.org for more information. This program is free software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or (at your option) any later version. :-) mdrun (-: Program: mdrun Version: VERSION 4.5.4 Precision: single Parallellization: MPI FFT Library: fftw3 安装gromacs的命令如下： tar xvf gromacs-5.1.tar.gz cd gromacs-5.1 mkdir build cd build cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/public/home/xfwen/software/gromacs-5.1 -DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 -DFFTWF_LIBRARY="/public/home/xfwen/software/fftw-3.3.4/lib/libfftw3f.so" -DFFTWF_INCLUDE_DIR="/public/home/xfwen/software/fftw-3.3.4/include/" -DCMAKE_C_COMPILER=/usr/bin/gcc -DCMAKE_CXX_COMPILER=/usr/bin/g++ -DGMX_MPI=on 能请您帮忙看看哪里出问题了吗？ |
6楼2018-01-10 12:02:49
7楼2018-01-10 12:41:33
8楼2018-03-23 17:40:26
9楼2018-03-23 17:40:50
faylovesnow
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