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【求助】请问关于分子模拟的小问题
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各位虫友老板最近突然想做一下反应的计算模拟，我之前是有外面用过vasp和gaussion，但是现在老板不想买软件，想让我用蒙特卡罗方法模拟，我想问以下几个问题： 1，蒙特卡罗方法在应用的时候是有现成的软件吗？还是基本的C++或者matlab就可以实现，那晶体的结构如何画出来呢？ 2，蒙特卡罗方法的适用范围有多大？ 3，简单说进行化学反应的模拟可以用蒙特卡罗方法吗？ 4，vasp和gaussion的软件都是多少钱？ 不知道是不是话有点啰嗦，希望大家能给予支持和回答 [ Last edited by martin7 on 2009-2-23 at 11:07 ] |
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2楼2009-02-23 10:58:04
老虎大王
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yuhuobuku(金币+5,VIP+0):欢迎参加讨论 2-23 11:41
martin7(金币+10,VIP+0):谢谢 2-23 12:01
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不想花钱，或者象我一样没钱，可以用免费软件啊。 买不起高斯，可以用Gamess，免费的，功能跟gaussion差不多，一般情况下Gaussion能算的，它也基本能算。 买不起Vasp，可以用Abinit，也可以用PWSCF，还有CPMD，这三个软件加起来，Vasp能算的它们都能算，Vasp不能算的，它们也可以算，问题就是在于，对于有的体系，要自己建势函数，这个比较烦。 要用蒙特卡罗，也是有免费软件的，比如towhee等。但是你要模拟的是化学反应，我估计Towhee不一定能行。 以下具体回答问题： 1，蒙特卡罗方法在应用的时候是有现成的软件吗？还是基本的C++或者matlab就可以实现，那晶体的结构如何画出来呢？ ——有。我上面说了。你用C++或Matlab自己编也是可以的，但编程需要时间。画晶体结构的免费软件多如牛毛。 2，蒙特卡罗方法的适用范围有多大？ ——很大很大。从量子力学研究、电子输运模拟，再到固液体结构等原子尺度模拟，再到晶体生长等介观尺度，再到宏观热力学、反应动力学等问题，再到经济学、人口学、管理学等社会科学的问题，都可以用Monte Carlo方法处理，但是涉及的领域不同，用到的理论不一样，程序也完全不相同。 3，简单说进行化学反应的模拟可以用蒙特卡罗方法吗？ ——原则上是可以的，但一个化学反应可以从不同角度来研究，是分子尺度层面，还是宏观动力学层面？ 4，vasp和gaussion的软件都是多少钱？ ——这个不很清楚。Vasp好像几万人民币（数千欧元）的样子。Gaussion不知道。 |
3楼2009-02-23 11:36:09
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5楼2009-02-23 12:15:10
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yuhuobuku(金币+5,VIP+0):欢迎参加讨论 2-23 18:21
martin7(金币+5,VIP+0):非常感谢 2-23 22:19
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我不是专门搞化学反应的，以下可能有说的不对或者不全的地方。请谅解。 从微观尺度研究一个化学反应，据我所知用量子化学方法的比较多。我想原则上是可能有MC算法的，但我不知道具体从何下手。你有没有这方面的模型，或者他人已经报道的文献？我不了解你为什么非要用MC算法。我想你总是要有一些文献的，人家能用的方法，应该我们也可以用。 大部分原子尺度下的模拟都是需要势函数的。但是对于Monte Carlo来说，有时候也不一定要用到势函数。这取决于你的具体算法。 Monte Carlo本身不是一种专门的算法，与其说它是一种算法，不如说是一种思想，它是模拟随机过程和随机事件的方法。如果你的问题是一种随机过程，或者可以通过设计一个随机过程来解决，这就是Monte Carlo方法。而到底如何解决，要看你的问题是什么，以及你如何设计这样的随机过程。 |
6楼2009-02-23 18:03:03
gwdavid
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7楼2009-02-23 18:32:38
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xuefei06(金币+3,VIP+0):thanks！ 2-25 23:43
martin7(金币+13,VIP+0):非常感谢老虎大哥，不知道你是什么方向也许以后可以合作：）常联系 2-26 08:50
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如果是教材上说过的方法，肯定应该是可行的了。但Mc的应用很广，程序也很多。我不知道有哪个MC程序比较适合于你所说的问题，可能需要你再详查资料。如果你对算法完全清楚，自己编程也应该是可以的。 自己编程，怕的就是对算法了解得不是很透，只要有一步卡壳，就编不下去了。这倒不是编程技术的问题，还是算法的问题。自己编程，适用于对别人的算法非常了解，或者是自己想出来的算法，自己去实现。 你既然很熟悉Vasp和Gaussian，而且知道这两个软件可以解决问题，那当然还是选自己轻车熟路的方法，稳妥一些，也省些时间。如果不想花钱，我上面说了，有替代的免费软件。 |
10楼2009-02-25 16:12:43