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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 其他 » 【求助】请问关于分子模拟的小问题
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martin7

银虫 (小有名气)
★
yuhuobuku(金币+1):欢迎参加讨论
说实话我之前的计算都是周期性材料，最强也只算过3维百原子的有机体系，当时已经是IBM最新的超算了，还算了半天，现在不知道我们在国内想模拟一下非周期性系统二维体系（简化）需要什么样的技术呢？是不是除了把非周期性的体系简化成周期性体系就没有别的方法了？
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11楼2009-02-26 08:55:17
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
martin7(金币+1,VIP+0):有空再来讨论下呵呵，谢谢啦 2-26 22:03
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 能否赏脸开个专贴？ 呵呵 坛子上精通MD MC的不多啊 2-27 22:09
如果用计算周期性体系的软件去计算非周期体系，只需要把边界定得足够大就可以了。但Gaussian这样的软件应该是直接处理非周期体系的吧。
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12楼2009-02-26 21:05:10
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martin7

银虫 (小有名气)
★
yuhuobuku(金币+1):欢迎参加讨论
老兄gaussian我一般只能算到15A的尺度，稍微大点的好像都得算上一阵子， 是不是我做的少，这个东西可以有方法，算非周期体系就很容易了？
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13楼2009-02-26 22:03:00
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★
yuhuobuku(金币+1):欢迎参加讨论
呵呵。大点的东西当然要算很久。
想减少时间是有方法的。方法就是加强硬件设备。呵呵。你多用几个CPU就快了。
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14楼2009-02-27 10:09:54
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martin7

银虫 (小有名气)
haha，gaussian有特定的运算命令算非周期的结构么？
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15楼2009-02-27 13:33:39
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 2-27 22:09
你等等，你把我弄糊涂了。我数年前用过Gaussian98，我记得Gaussian处理的就是单个分子啊，没有周期性边界条件的啊。Gaussian2003以后听说可以用周期性边界了，不过好像很少见有谁用Gaussian处理周期体系。你的意思是。。。？
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16楼2009-02-27 17:42:09
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martin7

银虫 (小有名气)
哈哈我明白你的意思，现在是可以算周期性的，但是好像我看introduction里面还是不推荐算周期性的。我以为有方法画非周期性的结构呢，哈。谢谢了老虎哥
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17楼2009-02-27 22:28:24
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mchen10

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 2-28 11:42
martin7(金币+1,VIP+0):thk u very much 2-28 14:22
there is an alternative for vasp, Quantum ESPRESSO, can deal with surface problems, and is totally free, (i never used though)
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更痛苦的是梦没醒路已经不能走了
18楼2009-02-28 02:35:00
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martin7

银虫 (小有名气)
relly thkx alot, i will look for some info
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19楼2009-02-28 14:21:03
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