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18257737914

新虫 (初入文坛)

[交流] 求助,PCR电泳拖尾很厉害 已有2人参与

各位大神好,本人菜鸟一枚,最近做琼脂电泳严重拖尾,多次更改条件均难以解决。

       本人现在目的基因片段是244bp,引物二聚体是40bp,用的DNA Marker为DL 500,最亮条带是200bp,其余分别为50、100、150、300、400、500 bp,用的是宝生物、捷瑞公司的PCR MIX,反应条件、反应体系如下:

人基因组模板DNA:50-200bp

引物终浓度:0.2-0.8uM

PCR MIX:12.5/15ul

H2O:补充至25ul

1、94    预热  5min

2、94    30/45s

3、55/58/60   30/45s

4、72   30/45s

5、72   10min

2-4  30循环

PS:现PCR多为模板DNA 100bp,引物终浓度 0.8uM,宝生物公司PCR MIX 15ul,PCR反应条件:2-4步 时间 45s。

    10月21日电泳是拖尾比较厉害,但还能看到目的条带(图一),但近几日出现相同条件下无法复制之前的PCR条带,出现明显拖尾,更改条件也是如此,图二、图三是同一次电泳,不同时间下所见条带(图三最右为后加样品),电泳为自上而下,加样均为3ul,核酸燃料为goldview 2。

    我已经做过模板(50-200bp)、引物浓度(0.2-0.8uM)、退火温度梯度(55/58/60),结果都不好,电泳槽长度大约为18-19cm,我用的是80-90V电压,模板DNA单独电泳时只有一条条带,亮度尚可。

   现在考虑,是否存在模板DNA污染,亦或是是否PCR MIX过多,12.5ul足够,或是PCR反应条件存在缺陷。也无法区分究竟是拖尾还是非特异性扩增,**各位大神指点

   表述不清,敬请海涵。

求助,PCR电泳拖尾很厉害
图一.jpg


求助,PCR电泳拖尾很厉害-1
图二.jpg


求助,PCR电泳拖尾很厉害-2
图三.jpg
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莫落

木虫 (正式写手)

2楼2017-10-30 00:01:18
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cf沐晴

新虫 (正式写手)

模板是哪个?看起来像降解了呢

发自小木虫Android客户端
3楼2017-10-30 00:07:30
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18257737914

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 莫落 at 2017-10-30 00:01:18
胶做的有问题

是胶有问题吗?但是最左边marker没有拖尾哎

发自小木虫Android客户端
4楼2017-10-30 09:03:25
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18257737914

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by cf沐晴 at 2017-10-30 00:07:30
模板是哪个?看起来像降解了呢

模板在另一张图上,就是最左边的那一点
求助,PCR电泳拖尾很厉害-3


求助,PCR电泳拖尾很厉害-4



发自小木虫Android客户端
5楼2017-10-30 09:04:23
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莫落

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by 18257737914 at 2017-10-30 09:03:25
是胶有问题吗?但是最左边marker没有拖尾哎
...

marker跑那么丑,也不清晰
应该跑成这样
求助,PCR电泳拖尾很厉害-5



发自小木虫IOS客户端
6楼2017-10-30 09:06:04
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18257737914

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 莫落 at 2017-10-30 09:06:04
marker跑那么丑,也不清晰
应该跑成这样

...

这个是不是跟我只加了3ul有关系?最亮的大概90ng,其余的为30ng

发自小木虫Android客户端
7楼2017-10-30 09:52:04
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莫落

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
你的marker看起来迷散,应该是胶没有溶好,多煮会对着光看看是否完全溶解

发自小木虫IOS客户端
8楼2017-10-30 10:24:26
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18257737914

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 莫落 at 2017-10-30 10:24:26
你的marker看起来迷散,应该是胶没有溶好,多煮会对着光看看是否完全溶解

好的,我试试看,谢谢

发自小木虫Android客户端
9楼2017-10-30 12:17:47
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