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颜紫星新虫 (著名写手)
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植物基因做emsa还是chip-seq效果好？ 已有1人参与
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emsa与chip-seq的区别？ @youlinglyw 发自小木虫Android客户端 |
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2楼2017-10-25 22:04:36
再闹不给糖
新虫 (正式写手)
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3楼2017-10-25 23:43:25
eagle00768
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4楼2017-10-26 05:31:08
5楼2017-10-26 10:35:27
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EMSA是经典的研究转录因子的体外方法。该方法不仅简单、迅速而且灵敏度较高; 另一方面它可以用竞争性试验来评价蛋白和核酸结合的特性。末端标记的核酸探针可以与蛋白质结合，电泳时DNA 在凝胶中的迁移率因其相对分子质量及构型的不同而有所差异，DNA 蛋白质复合物由于体积较大而表现为相对滞后EMSA 是一种在体外快速研究DNA 和蛋白质结合作用的方法，能够确定特定蛋白和DNA 序列，转录因子和其靶基因启动子区域的结合特性。但是这种体外方法不能真实地反映生物体内的情况，不能确定细胞内重要转录因子的靶序列，不能阐明生理条件下蛋白质和DNA 的相互作用。此外，EMSA 法需要用放射性标记材料，成本较高，耗时较长 ChIP 技术是利用抗原抗体结合的原理来反映蛋白质与基因组结合的情况，是目前唯一研究体内DNA 与蛋白质相互作用的方法。该方法最初用于组蛋白各种共价修饰的研究，后来才用于转录因子与DNA 相互作用的研究。其原理是: 在活细胞状态下固定DNA-蛋白质复合物，并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过免疫学方法沉淀该复合物，特异性地富集与目的蛋白结合的DNA 片段，通过对目的片断的纯化与检测，从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。ChIP 在体内捕获转录因子和靶基因相互作用的同时，能快速地提供一种或者多种基因的调控机制，应用前景广阔。但是ChIP 也有一定的局限性，该技术对抗体特异性要求高，要在自由溶液和固定液中都能识别其抗原决定簇，为获得高丰度的结合片段，必须高度模拟靶标蛋白质表达所需的胞内环境，易出现假阴性或假阳性结果，难以同时得到多个蛋白质对同一序列结合的信息等。 根据现在发表的植物方面的文献来看，一般2种都会做。 |
6楼2017-11-08 15:31:38
