24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 432  |  回复: 5
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】关于分子构象库的过滤

向大家问个问题:我有一个数据库,这个数据库中是某一个分子的不同构象,因为这个分子的柔性很大,所以我搜索了大概几百个构象,我现在想通过比较RMS值的方法把这个库中的重复构象的分子删除掉,请问用什么软件可以做到?

[ Last edited by zdhlover on 2009-11-30 at 15:21 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)

请问有没有命令行操作的软件可以做,最好是linux下的。
5楼2009-02-21 16:59:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)

库中的分子都是mol2格式
2楼2009-02-19 22:21:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dolphin100

木虫 (正式写手)


mingdong(金币+1,VIP+0):谢谢! 2-20 11:11
GROMACS 里的 g_rms  -f *.trr -s *.tpr -o rms.xvg 命令就可以计算得到
或者通过insightII里的rMSD  cross-RMSD 计算 直接给你分类,选出代表典型的也可以
Constanteffortscanyieldsuresuccess!
3楼2009-02-19 23:30:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫


★ ★
mingdong(金币+2,VIP+0):谢谢! 2-20 11:11
问题在于你的数据库的接口是否方便,而不在于计算RMS的过程。
例如若可以批量导入导出(或支持shell命令行下操作)的话,随便借用一个计算rmsd的工具都可以实现,最方便的比如用vmd,用tcl脚本批量将所有mol2读入一个id,用附带工具算出rmsd并导出结果,写个shell脚本排序并删除rmsd过大的mol2,导回数据库即可。
4楼2009-02-20 01:23:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 303求调剂 +5 DLkz1314. 2026-03-30 5/250 2026-03-30 15:20 by 159357hjz
[考研] 288资源与环境专硕求调剂,不限专业,有学上就行 +5 lllllos 2026-03-30 5/250 2026-03-30 15:05 by cq2548
[考研] 324求调剂 +9 hanamiko 2026-03-26 11/550 2026-03-30 14:27 by JourneyLucky
[考研] 322求调剂 +8 宋明欣 2026-03-27 8/400 2026-03-30 13:38 by chemdavid
[考研] 一志愿南开大学0710生物学359求调剂 +5 兔兔兔111223314 2026-03-29 5/250 2026-03-30 10:41 by malone0211
[考研] 327求调剂 +4 小卡不卡. 2026-03-29 4/200 2026-03-30 06:15 by wxiongid
[考研] 279求调剂 +4 蝶舞轻绕 2026-03-29 4/200 2026-03-29 09:45 by laoshidan
[考研] 数一英一271专硕(085401)求调剂,可跨 +7 前行必有光 2026-03-28 8/400 2026-03-28 23:22 by 小木虫tim
[考研] 11408软件工程求调剂 +3 Qiu学ing 2026-03-28 3/150 2026-03-28 21:50 by zhq0425
[考研] 343求调剂 +5 爱羁绊 2026-03-28 5/250 2026-03-28 20:53 by 唐沐儿
[考研] 312,生物学求调剂 +3 小译同学abc 2026-03-28 3/150 2026-03-28 15:32 by 落睿可思
[考研] 张芳铭-中国农业大学-环境工程专硕-298 +4 手机用户 2026-03-26 4/200 2026-03-28 07:17 by mmm just
[考研] 一志愿211院校 344分 东北农业大学生物学学硕,求调剂 +5 丶风雪夜归人丶 2026-03-26 8/400 2026-03-27 19:22 by 丶风雪夜归人丶
[考研] 272求调剂 +7 脚滑的守法公民 2026-03-27 7/350 2026-03-27 17:23 by laoshidan
[考研] 324求调剂 +5 hanamiko 2026-03-26 5/250 2026-03-27 10:33 by wangjy2002
[硕博家园] 北京林业大学硕导招生广告 +6 kongweilin 2026-03-26 8/400 2026-03-27 10:18 by FF_16
[考研] 材料调剂 5+4 想要一壶桃花水 2026-03-25 10/500 2026-03-26 19:56 by 不吃魚的貓
[考研] 材料与化工304求B区调剂 +3 邱gl 2026-03-25 3/150 2026-03-25 19:03 by Ainin_
[考研] 调剂 +4 13853210211 2026-03-24 4/200 2026-03-24 19:44 by ms629
[考研] 344求调剂 +3 desto 2026-03-24 3/150 2026-03-24 10:09 by 搏击518
信息提示
请填处理意见