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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)

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[交流] 【求助】关于分子构象库的过滤

向大家问个问题：我有一个数据库，这个数据库中是某一个分子的不同构象，因为这个分子的柔性很大，所以我搜索了大概几百个构象，我现在想通过比较RMS值的方法把这个库中的重复构象的分子删除掉，请问用什么软件可以做到？

[ Last edited by zdhlover on 2009-11-30 at 15:21 ]

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1楼 2009-02-19 09:56:19

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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)

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库中的分子都是mol2格式

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2楼2009-02-19 22:21:56

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dolphin100

木虫 (正式写手)

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★
mingdong(金币+1,VIP+0):谢谢！ 2-20 11:11

GROMACS 里的 g_rms -f *.trr -s *.tpr -o rms.xvg 命令就可以计算得到
或者通过insightII里的rMSD cross-RMSD 计算直接给你分类,选出代表典型的也可以

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Constanteffortscanyieldsuresuccess!

3楼2009-02-19 23:30:41

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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫

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★ ★
mingdong(金币+2,VIP+0):谢谢！ 2-20 11:11

问题在于你的数据库的接口是否方便，而不在于计算RMS的过程。
例如若可以批量导入导出（或支持shell命令行下操作）的话，随便借用一个计算rmsd的工具都可以实现，最方便的比如用vmd，用tcl脚本批量将所有mol2读入一个id，用附带工具算出rmsd并导出结果，写个shell脚本排序并删除rmsd过大的mol2，导回数据库即可。

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4楼2009-02-20 01:23:56

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