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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】关于分子构象库的过滤
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】关于分子构象库的过滤

向大家问个问题：我有一个数据库，这个数据库中是某一个分子的不同构象，因为这个分子的柔性很大，所以我搜索了大概几百个构象，我现在想通过比较RMS值的方法把这个库中的重复构象的分子删除掉，请问用什么软件可以做到？

[ Last edited by zdhlover on 2009-11-30 at 15:21 ]
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1楼 2009-02-19 09:56:19
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)
库中的分子都是mol2格式
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2楼2009-02-19 22:21:56
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dolphin100

木虫 (正式写手)
★
mingdong(金币+1,VIP+0):谢谢！ 2-20 11:11
GROMACS 里的 g_rms  -f *.trr -s *.tpr -o rms.xvg 命令就可以计算得到
或者通过insightII里的rMSD  cross-RMSD 计算 直接给你分类,选出代表典型的也可以
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Constanteffortscanyieldsuresuccess!
3楼2009-02-19 23:30:41
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
★ ★
mingdong(金币+2,VIP+0):谢谢！ 2-20 11:11
问题在于你的数据库的接口是否方便，而不在于计算RMS的过程。
例如若可以批量导入导出（或支持shell命令行下操作）的话，随便借用一个计算rmsd的工具都可以实现，最方便的比如用vmd，用tcl脚本批量将所有mol2读入一个id，用附带工具算出rmsd并导出结果，写个shell脚本排序并删除rmsd过大的mol2，导回数据库即可。
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4楼2009-02-20 01:23:56
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)
请问有没有命令行操作的软件可以做，最好是linux下的。
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5楼2009-02-21 16:59:03
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)
★
mingdong(金币+1,VIP+0):谢谢！ 2-22 15:16
可以用分子叠合的方式进行，这个可以用 ccl 上的一个小软件进行：

http://www.ccl.net/cca/software/SOURCES/C/quaternion-mol-fit/

但让哪两个结构式进行比较，这需要你自己来指定的。
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6楼2009-02-22 11:31:40
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