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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 设计引物遇到难题
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林小露

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wareer at 2017-10-12 22:39:57
上下游直接取，只要Tm相近即可，不用管长度

位置不需要在起始密码子和终止密码子之外吗？

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11楼2017-10-13 09:32:45
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didongwei

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
10楼: Originally posted by 林小露 at 2017-10-13 09:31:47
我的目的是克隆一整段基因序列然后成功表达，求大神赐教
...

你要采用什么方式进行克隆？如果是酶切法是要从起始密码子开始设计引物的

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不是优秀，而是不可替代
12楼2017-10-13 09:44:02
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艾喵喵

木虫 (正式写手)
同学习

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13楼2017-10-13 09:51:39
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mlxmiao

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
随便帮你选了一段序列，具体可以参照NCBI上的在线软件
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/too ... enH61LOZlpB7Ldr8Dyg
设计引物遇到难题
大.png
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14楼2017-10-13 12:03:53
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林小露

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by didongwei at 2017-10-13 09:44:02
你要采用什么方式进行克隆？如果是酶切法是要从起始密码子开始设计引物的
...

我是想采用酶切法得到扩增后的目的基因进行表达，如果需要使用酶切法，设计引物一定要从密码子开始设计引物吗？那下游引物也要设计在终止密码子前面咯？
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15楼2017-10-13 17:33:08
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林小露

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by mlxmiao at 2017-10-13 12:03:53
随便帮你选了一段序列，具体可以参照NCBI上的在线软件
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/primertool.cgi?ctg_time=1507856996&job_key=09kMhZmNlCWzG5EenH61LOZlpB7Ldr8Dyg

大.png
...

我之前使用过这个在线软件，只是用来验证引物。没想到看到前辈用在线设计引物得出的效果比我设计的都好。谢谢前辈
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16楼2017-10-13 17:35:36
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didongwei

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
15楼: Originally posted by 林小露 at 2017-10-13 17:33:08
我是想采用酶切法得到扩增后的目的基因进行表达，如果需要使用酶切法，设计引物一定要从密码子开始设计引物吗？那下游引物也要设计在终止密码子前面咯？...

嗯，如果不做融合蛋白，就加上终止密码子，如果做融合蛋白，就去掉终止密码子。

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不是优秀，而是不可替代
17楼2017-10-13 19:01:42
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林小露

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by mlxmiao at 2017-10-13 12:03:53
随便帮你选了一段序列，具体可以参照NCBI上的在线软件
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/primertool.cgi?ctg_time=1507856996&job_key=09kMhZmNlCWzG5EenH61LOZlpB7Ldr8Dyg

大.png
...

我之前使用过这个在线软件，只是用来验证引物。没想到看到前辈用在线设计引物得出的效果比我设计的都好。谢谢前辈
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18楼2017-10-13 19:26:31
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林小露

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
17楼: Originally posted by didongwei at 2017-10-13 19:01:42
嗯，如果不做融合蛋白，就加上终止密码子，如果做融合蛋白，就去掉终止密码子。
...

但是我试过在起始密码子开始设计上游引物，在终止密码子前设计下游引物，两个引物的Tm相差有点大，GC含量值相差也大，这样不会影响吗
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19楼2017-10-13 19:33:36
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林小露

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
17楼: Originally posted by didongwei at 2017-10-13 19:01:42
嗯，如果不做融合蛋白，就加上终止密码子，如果做融合蛋白，就去掉终止密码子。
...

如果我要用酶切法。然后引物设计在起始密码子和终止密码子两侧，这样可以吗/，因为设计在两侧的引物条件貌似比在起始、终止密码子上设计的引物好一点
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20楼2017-10-13 20:01:16
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