应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 转录组测序过程中为什么要将富集的RNA随机打断成片段？
101/1返回列表
查看: 5182  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

damaoouba

木虫 (正式写手)

[求助] 转录组测序过程中为什么要将富集的RNA随机打断成片段？ 已有1人参与

这个地方我有点想不明白。为什么要将oligoDT富集的mRNA随机打断成片段之后再反转成cDNA呢？有什么好处？如果不片段化会出现什么后果呢？
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2017-10-09 11:23:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

原来，是这样

金虫 (小有名气)
一般测序都是几百几百的测，一次测的太长后面就不准了，所以打成随机片段测序完了再拼接，保证准确性。

发自小木虫Android客户端
赞一下(3人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

damaoouba
2楼2017-10-09 11:48:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

damaoouba

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 原来，是这样 at 2017-10-09 11:48:25
一般测序都是几百几百的测，一次测的太长后面就不准了，所以打成随机片段测序完了再拼接，保证准确性。

谢谢~！明白啦！
回复此楼
3楼2017-10-09 12:24:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chenj-315

银虫 (正式写手)
一条mRNA被打断之后进行测序怎么知道整条mRNA的序列信息呢？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
4楼2017-10-09 12:26:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

damaoouba

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 原来，是这样 at 2017-10-09 11:48:25
一般测序都是几百几百的测，一次测的太长后面就不准了，所以打成随机片段测序完了再拼接，保证准确性。

一条mRNA被打断之后进行测序怎么知道整条mRNA的序列信息呢？
赞一下 回复此楼
5楼2017-10-09 12:34:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

原来，是这样

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
damaoouba: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2017-10-09 12:37:24
引用回帖:
4楼: Originally posted by chenj-315 at 2017-10-09 12:26:08
一条mRNA被打断之后进行测序怎么知道整条mRNA的序列信息呢？

细胞里面一个基因mRNA不可能只有一条，多条都是随机打断是很容易通过软件对比拼接的

发自小木虫Android客户端
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2017-10-09 12:36:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chenj-315

银虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 原来，是这样 at 2017-10-09 12:36:40
细胞里面一个基因mRNA不可能只有一条，多条都是随机打断是很容易通过软件对比拼接的
...

谢谢！还有一些疑问，像一些单细胞测序的方法有一些mRNA含量可能也只有几个拷贝，这种情况下通过软件比对是否准确率很低呢？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
7楼2017-10-09 12:48:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

原来，是这样

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by chenj-315 at 2017-10-09 12:48:04
谢谢！还有一些疑问，像一些单细胞测序的方法有一些mRNA含量可能也只有几个拷贝，这种情况下通过软件比对是否准确率很低呢？
...

其实两个都是可以拼接的，但是在高通量里面两个拷贝的确容易出现不靠谱情况，但是几个拷贝的话还是没有什么问题的。

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
8楼2017-10-09 13:15:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

damaoouba

木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 原来，是这样 at 2017-10-09 13:15:53
其实两个都是可以拼接的，但是在高通量里面两个拷贝的确容易出现不靠谱情况，但是几个拷贝的话还是没有什么问题的。
...

还有一点不太明白。请问桥式扩增之前添加的接头是什么作用呢？5‘和3’端的接头有什么差别？
赞一下 回复此楼
9楼2017-10-09 13:18:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

原来，是这样

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by damaoouba at 2017-10-09 13:18:47
还有一点不太明白。请问桥式扩增之前添加的接头是什么作用呢？5‘和3’端的接头有什么差别？...

这个东西不好说清楚，看一次视频就能知道为什么了，网上可以搜到的，我们老师给我们放过。

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
10楼2017-10-09 15:55:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 damaoouba 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭