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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 转录组测序过程中为什么要将富集的RNA随机打断成片段？
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damaoouba

木虫 (正式写手)

[求助] 转录组测序过程中为什么要将富集的RNA随机打断成片段？ 已有1人参与

这个地方我有点想不明白。为什么要将oligoDT富集的mRNA随机打断成片段之后再反转成cDNA呢？有什么好处？如果不片段化会出现什么后果呢？
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1楼 2017-10-09 11:23:15
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原来，是这样

金虫 (小有名气)
一般测序都是几百几百的测，一次测的太长后面就不准了，所以打成随机片段测序完了再拼接，保证准确性。

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damaoouba
2楼2017-10-09 11:48:25
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damaoouba

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 原来，是这样 at 2017-10-09 11:48:25
一般测序都是几百几百的测，一次测的太长后面就不准了，所以打成随机片段测序完了再拼接，保证准确性。

谢谢~！明白啦！
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3楼2017-10-09 12:24:18
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chenj-315

银虫 (正式写手)
一条mRNA被打断之后进行测序怎么知道整条mRNA的序列信息呢？

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4楼2017-10-09 12:26:08
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damaoouba

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 原来，是这样 at 2017-10-09 11:48:25
一般测序都是几百几百的测，一次测的太长后面就不准了，所以打成随机片段测序完了再拼接，保证准确性。

一条mRNA被打断之后进行测序怎么知道整条mRNA的序列信息呢？
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5楼2017-10-09 12:34:37
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原来，是这样

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
damaoouba: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2017-10-09 12:37:24
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4楼: Originally posted by chenj-315 at 2017-10-09 12:26:08
一条mRNA被打断之后进行测序怎么知道整条mRNA的序列信息呢？

细胞里面一个基因mRNA不可能只有一条，多条都是随机打断是很容易通过软件对比拼接的

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6楼2017-10-09 12:36:40
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chenj-315

银虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 原来，是这样 at 2017-10-09 12:36:40
细胞里面一个基因mRNA不可能只有一条，多条都是随机打断是很容易通过软件对比拼接的
...

谢谢！还有一些疑问，像一些单细胞测序的方法有一些mRNA含量可能也只有几个拷贝，这种情况下通过软件比对是否准确率很低呢？

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7楼2017-10-09 12:48:04
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原来，是这样

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by chenj-315 at 2017-10-09 12:48:04
谢谢！还有一些疑问，像一些单细胞测序的方法有一些mRNA含量可能也只有几个拷贝，这种情况下通过软件比对是否准确率很低呢？
...

其实两个都是可以拼接的，但是在高通量里面两个拷贝的确容易出现不靠谱情况，但是几个拷贝的话还是没有什么问题的。

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8楼2017-10-09 13:15:53
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damaoouba

木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 原来，是这样 at 2017-10-09 13:15:53
其实两个都是可以拼接的，但是在高通量里面两个拷贝的确容易出现不靠谱情况，但是几个拷贝的话还是没有什么问题的。
...

还有一点不太明白。请问桥式扩增之前添加的接头是什么作用呢？5‘和3’端的接头有什么差别？
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9楼2017-10-09 13:18:47
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原来，是这样

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by damaoouba at 2017-10-09 13:18:47
还有一点不太明白。请问桥式扩增之前添加的接头是什么作用呢？5‘和3’端的接头有什么差别？...

这个东西不好说清楚，看一次视频就能知道为什么了，网上可以搜到的，我们老师给我们放过。

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10楼2017-10-09 15:55:29
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