应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » sybyl对接后蛋白质里的小分子怎么提出来
51/1返回列表
查看: 1348  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

雪野千树

新虫 (小有名气)

[交流] sybyl对接后蛋白质里的小分子怎么提出来 已有1人参与

sybyl对接时，蛋白质pdb文件里原来就有一个小分子cofactor，怎样才可以把它提出来存为mol2文件？

发自小木虫IOS客户端
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2017-10-02 23:35:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

JIANGWENJUN

新虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by JIANGWENJUN at 2017-10-07 17:56:27
这时候要转格式，转mol2,过程怎么说呢？也不麻烦
...

另外你也可以在RSCB网站(好像是这个数据库)里搜你的蛋白质编号，里面也有配体，可以像下载蛋白质一样下载

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
6楼2017-10-07 17:57:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

JIANGWENJUN

新虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你说的小分子是蛋白质的配体？？提取出来后转mol2格式

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
2楼2017-10-06 15:13:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

雪野千树

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by JIANGWENJUN at 2017-10-06 15:13:25
你说的小分子是蛋白质的配体？？提取出来后转mol2格式

是的，那个蛋白质的pdb文件里本来就包含一个小分子配体，我想把它提出来做mol2文件

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
3楼2017-10-06 17:05:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

JIANGWENJUN

新虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by 雪野千树 at 2017-10-06 17:05:37
是的，那个蛋白质的pdb文件里本来就包含一个小分子配体，我想把它提出来做mol2文件
...

这时候要转格式，转mol2,过程怎么说呢？也不麻烦

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
4楼2017-10-07 17:56:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 uKOSCocCb6Fm 2026-11-12 5/250 2026-11-15 03:21 by xSrQNSSjcgoX
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 uKOSCocCb6Fm 2026-11-12 6/300 2026-11-15 02:59 by xSrQNSSjcgoX
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 uKOSCocCb6Fm 2026-11-12 7/350 2026-11-15 02:48 by xSrQNSSjcgoX
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 uKOSCocCb6Fm 2026-11-12 9/450 2026-11-15 02:04 by xSrQNSSjcgoX
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 6/300 2026-11-15 00:27 by Equinoxhua
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 TZqyNTBa07NP 2026-11-13 3/150 2026-11-14 15:58 by KXypaGgBBlw7
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +5 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 6/300 2026-11-13 11:04 by Equinoxhua
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +5 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 9/450 2026-11-13 11:02 by Equinoxhua
[考博] 27博士申请（市政/环境） +3 ladf 2026-11-12 3/150 2026-11-13 08:19 by Equinoxhua
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +5 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 8/400 2026-11-12 11:22 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 5/250 2026-11-12 11:14 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 7/350 2026-11-12 10:49 by HajghKOMynmz
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 6/300 2026-11-12 10:30 by HajghKOMynmz
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 6/300 2026-11-12 10:27 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 8/400 2026-11-12 10:27 by HajghKOMynmz
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 YHiw1gou1Eda 2026-11-10 6/300 2026-11-12 10:08 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 FChKX8meu1ds 2026-11-09 10/500 2026-11-12 09:52 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +7 0TEMgxdT1eIw 2026-11-09 9/450 2026-11-12 09:24 by HajghKOMynmz
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 5/250 2026-11-12 06:03 by 9fOTqj074tIg
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +5 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 8/400 2026-11-12 05:08 by 9fOTqj074tIg
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭