应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps 中create_atoms添加分子
61/1返回列表
查看: 2307  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

liuliyanatqx

金虫 (著名写手)

[求助] lammps 中create_atoms添加分子 已有1人参与

求教各位大神，有没有用lammps做层层自组装的？怎样用creat_atoms命令来添加分子？谢谢了！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2017-09-20 15:49:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

琳达的情人

金虫 (小有名气)
先用molecule读入分子

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

liuliyanatqx
2楼2017-09-21 07:07:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuliyanatqx

金虫 (著名写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 琳达的情人 at 2017-09-21 07:07:34
先用molecule读入分子

您能给我发一个molecule 的模板吗？我按照lammps mamual手册编了一个，在运行过程中既不提示错误，也不运行。非常感谢！
赞一下 回复此楼
3楼2017-09-22 08:38:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

iSimuLy

捐助贵宾 (正式写手)

资深专家顾问

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
liuliyanatqx: 金币+50, ★★★★★最佳答案, 非常感谢您的帮助！祝心想事成！ 2017-09-29 08:42:27
########## SPC/E model

3 atoms
2 bonds
1 angles

Coords

1   0.816490   0.577359    0.000000
2   0.000000   0.000000    0.000000
3   1.632980   0.000000    0.000000

Types

1  1
2  2
3  2

Charges

1   -0.8476  
2   0.4238  
3   0.4238

Bonds

1  1  1 2
2  1  1 3

Angles

1  1  2 1 3

Special Bond Counts

1   2 0 0
2   1 1 0  
3   1 1 0

Special Bonds

1   2 3
2   1 3  
3   1 2

Shake Flags

1   1
2   2
3   2

Shake Atoms

1   1 2 3
2   1 2
3   1 3

Shake Bond Types

1   1 1 1
2   1
3   1
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

知行合一XZ
4楼2017-09-27 09:32:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

逆风milk

新虫 (初入文坛)
请问楼主解决了吗，可以讨论讨论吗？
赞一下 回复此楼
5楼2019-11-04 11:14:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

知行合一XZ

铁虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by iSimuLy at 2017-09-27 09:32:38
########## SPC/E model

3 atoms
2 bonds
1 angles

Coords

1   0.816490   0.577359    0.000000
2   0.000000   0.000000    0.000000
3   1.632980   0.000000    0.000000

Types

1  1
2  2
...

请问，我在用create atoms命令添加分子的时候，lammps报错显示unexpected end of molecule file ，我的分子模板是按照手册上的弄得，
导入模板的命令如下
molecule              1 colloid.txt
create_atoms        1 random 10 10001 box mol colloid 10001
赞一下 回复此楼
6楼2020-03-01 19:36:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 liuliyanatqx 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +4 西山十月 2026-08-09 6/300 2026-08-10 00:16 by liufeng0619
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +7 Lanmanbaby 2026-08-09 14/700 2026-08-09 23:33 by Tide man
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +4 布布和一二 2026-08-08 4/200 2026-08-09 22:24 by otj2008
[基金申请] 关于代码变化问题，想知道的进来 +15 且听虎啸 2026-08-07 22/1100 2026-08-09 22:13 by 布布和一二
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +10 布布和一二 2026-08-08 21/1050 2026-08-09 17:21 by 天神眷顾
[基金申请] fileCode有新解读？ +10 Tide man 2026-08-08 18/900 2026-08-09 12:55 by 仁砚薪传
[基金申请] 关于filecode，很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
[基金申请] 好奇怪的filecode +3 布布和一二 2026-08-08 4/200 2026-08-08 17:46 by zhanghaozhu
[基金申请] 化学口download_prp&fileCode的固定段好像这几天一直没变，有变的大神么？ +3 Tide man 2026-08-07 4/200 2026-08-07 22:39 by Tide man
[基金申请] 固定端突然变了，今天 +6 archvillain 2026-08-06 10/500 2026-08-07 16:03 by 医学老男孩
[基金申请] 听说今天filecode变了 +24 布布和一二 2026-08-06 47/2350 2026-08-07 16:02 by zhiyanjiang
[基金申请] filecode变化情况 +6 布布和一二 2026-08-07 22/1100 2026-08-07 14:45 by 且听虎啸
[基金申请] filecode +14 等待解的谜 2026-08-06 19/950 2026-08-07 12:20 by wlwhappy
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
[基金申请] 求各位大神看下 100+6 hpkpkpkp 2026-08-05 33/1650 2026-08-06 14:49 by zhiyanjiang
[基金申请] 8月时间戳变的，举个手。玩一下，释放压力 +9 archvillain 2026-08-04 11/550 2026-08-05 20:06 by wlwhappy
[基金申请] 好消息？这个有何含义？？？ +8 Tide man 2026-08-05 10/500 2026-08-05 16:14 by xmuxiaoyu
[基金申请] 有没有H口的？有收到消息的吗？ +3 超级海虾 2026-08-04 3/150 2026-08-04 17:26 by 学教育滴
[基金申请] 纯娱乐，不喜欢勿喷 +7 Tide man 2026-08-04 10/500 2026-08-04 15:10 by loufangrui
[基金申请] 什么时候能放榜呀？ +3 Jacob678 2026-08-03 3/150 2026-08-03 16:14 by gltch
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭