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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps 中create_atoms添加分子
汕头大学海洋科学接受调剂
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liuliyanatqx

金虫 (著名写手)

[求助] lammps 中create_atoms添加分子 已有1人参与

求教各位大神，有没有用lammps做层层自组装的？怎样用creat_atoms命令来添加分子？谢谢了！
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1楼 2017-09-20 15:49:14
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琳达的情人

金虫 (小有名气)
先用molecule读入分子

发自小木虫Android客户端
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liuliyanatqx
2楼2017-09-21 07:07:34
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liuliyanatqx

金虫 (著名写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 琳达的情人 at 2017-09-21 07:07:34
先用molecule读入分子

您能给我发一个molecule 的模板吗？我按照lammps mamual手册编了一个，在运行过程中既不提示错误，也不运行。非常感谢！
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3楼2017-09-22 08:38:38
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iSimuLy

捐助贵宾 (正式写手)

资深专家顾问

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
liuliyanatqx: 金币+50, ★★★★★最佳答案, 非常感谢您的帮助！祝心想事成！ 2017-09-29 08:42:27
########## SPC/E model

3 atoms
2 bonds
1 angles

Coords

1   0.816490   0.577359    0.000000
2   0.000000   0.000000    0.000000
3   1.632980   0.000000    0.000000

Types

1  1
2  2
3  2

Charges

1   -0.8476  
2   0.4238  
3   0.4238

Bonds

1  1  1 2
2  1  1 3

Angles

1  1  2 1 3

Special Bond Counts

1   2 0 0
2   1 1 0  
3   1 1 0

Special Bonds

1   2 3
2   1 3  
3   1 2

Shake Flags

1   1
2   2
3   2

Shake Atoms

1   1 2 3
2   1 2
3   1 3

Shake Bond Types

1   1 1 1
2   1
3   1
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知行合一XZ
4楼2017-09-27 09:32:38
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逆风milk

新虫 (初入文坛)
请问楼主解决了吗，可以讨论讨论吗？
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5楼2019-11-04 11:14:57
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知行合一XZ

铁虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by iSimuLy at 2017-09-27 09:32:38
########## SPC/E model

3 atoms
2 bonds
1 angles

Coords

1   0.816490   0.577359    0.000000
2   0.000000   0.000000    0.000000
3   1.632980   0.000000    0.000000

Types

1  1
2  2
...

请问，我在用create atoms命令添加分子的时候，lammps报错显示unexpected end of molecule file ，我的分子模板是按照手册上的弄得，
导入模板的命令如下
molecule              1 colloid.txt
create_atoms        1 random 10 10001 box mol colloid 10001
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6楼2020-03-01 19:36:46
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