应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps 中create_atoms添加分子
61/1返回列表
查看: 2357  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

liuliyanatqx

金虫 (著名写手)

[求助] lammps 中create_atoms添加分子 已有1人参与

求教各位大神，有没有用lammps做层层自组装的？怎样用creat_atoms命令来添加分子？谢谢了！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2017-09-20 15:49:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

琳达的情人

金虫 (小有名气)
先用molecule读入分子

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

liuliyanatqx
2楼2017-09-21 07:07:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuliyanatqx

金虫 (著名写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 琳达的情人 at 2017-09-21 07:07:34
先用molecule读入分子

您能给我发一个molecule 的模板吗？我按照lammps mamual手册编了一个，在运行过程中既不提示错误，也不运行。非常感谢！
赞一下 回复此楼
3楼2017-09-22 08:38:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

iSimuLy

捐助贵宾 (正式写手)

资深专家顾问

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
liuliyanatqx: 金币+50, ★★★★★最佳答案, 非常感谢您的帮助！祝心想事成！ 2017-09-29 08:42:27
########## SPC/E model

3 atoms
2 bonds
1 angles

Coords

1   0.816490   0.577359    0.000000
2   0.000000   0.000000    0.000000
3   1.632980   0.000000    0.000000

Types

1  1
2  2
3  2

Charges

1   -0.8476  
2   0.4238  
3   0.4238

Bonds

1  1  1 2
2  1  1 3

Angles

1  1  2 1 3

Special Bond Counts

1   2 0 0
2   1 1 0  
3   1 1 0

Special Bonds

1   2 3
2   1 3  
3   1 2

Shake Flags

1   1
2   2
3   2

Shake Atoms

1   1 2 3
2   1 2
3   1 3

Shake Bond Types

1   1 1 1
2   1
3   1
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

知行合一XZ
4楼2017-09-27 09:32:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

逆风milk

新虫 (初入文坛)
请问楼主解决了吗，可以讨论讨论吗？
赞一下 回复此楼
5楼2019-11-04 11:14:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

知行合一XZ

铁虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by iSimuLy at 2017-09-27 09:32:38
########## SPC/E model

3 atoms
2 bonds
1 angles

Coords

1   0.816490   0.577359    0.000000
2   0.000000   0.000000    0.000000
3   1.632980   0.000000    0.000000

Types

1  1
2  2
...

请问，我在用create atoms命令添加分子的时候，lammps报错显示unexpected end of molecule file ，我的分子模板是按照手册上的弄得，
导入模板的命令如下
molecule              1 colloid.txt
create_atoms        1 random 10 10001 box mol colloid 10001
赞一下 回复此楼
6楼2020-03-01 19:36:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 liuliyanatqx 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +16 晴天加油 2026-08-26 18/900 2026-09-02 09:39 by 昵称告罄
[基金申请] 要骂人了，新模版改版就是要淡化问题凝练这种虚的东西，结果有个评委还在说凝练得不够 +5 瞬息宇宙 2026-08-31 8/400 2026-09-02 09:37 by 昵称告罄
[基金申请] 科研人应该花精力去思考如何解决问题，而不是去凝练问题 +3 瞬息宇宙 2026-09-01 5/250 2026-09-02 08:01 by anjeeshine
[文学芳草园] 梦想 +5 myrtle 2026-08-26 8/400 2026-09-02 02:42 by Leogzhya
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +5 bjdxyxy 2026-08-26 5/250 2026-09-01 17:54 by 小伟大博士
[基金申请] 学科评审组评审是指会评吗？ +4 瞬息宇宙 2026-08-31 4/200 2026-09-01 14:58 by jiaoxg
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难 +13 Kittylucky 2026-08-27 14/700 2026-09-01 11:06 by feng6531
[论文投稿] 小白求助 投论文要求的highlights应该如何写 5+3 l1963982152 2026-08-29 4/200 2026-09-01 09:04 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +6 叶九微 2026-08-26 6/300 2026-08-31 23:54 by yudaoqian88
[基金申请] 国社科又开始会评了，不知道这次命运如何 +7 雨打竹帘 2026-08-30 11/550 2026-08-31 23:16 by hittle2008
[基金申请] 哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识 +6 yuleib84 2026-08-26 7/350 2026-08-31 19:46 by 鱼翔浅底1
[基金申请] 能否申诉？ +7 echo8914667 2026-08-30 8/400 2026-08-31 17:00 by yihongxu
[基金申请] 29号明天会评吗 +4 笨笨唐 2026-08-28 4/200 2026-08-31 09:30 by huixian257
[基金申请] 基金不中，共勉 +12 eulota 2026-08-26 12/600 2026-08-31 08:42 by ZJTJZ
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？ +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜？ 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 我不理解！ +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭