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omigen

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[交流] 新技术分享！ATAC-seq新技术！

今天给大家介绍一下通过高通量测序技术助力新药研发的新技术！ATAC-seq是通过使用高通量测序对转座酶可接近性核染色质区域进行分析（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing）的一种创新表观遗传学研究技术。该技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割，进而获得在该特定时空下基因组中所有活跃转录的调控序列。
新技术分享！ATAC-seq新技术！
真核细胞通过将基因组DNA与组蛋白进行不同层次的折叠组装成染色质，这些精密组装信息在基因转录调控中起决定性作用。染色质区域的可接近性是特异性反式作用因子和顺式调控元件相互作用的前提，基因表达的异常或者染色质调控因子的改变都将对细胞的命运产生深远的影响，进而导致各种疾病的发生、发展。目前该技术已被广泛应用于转录调控序列的鉴定。
ATAC-seq技术应用领域：
1.        重大疾病发病机制
2.        药物作用机制
3.        新药研发
4.        生物标志物功能研究
而将ATAC-seq和RNA-seq整合基因组学研究进行整合研究，将会获得对生物体（动物或植物）中的转录调控机制。通过ATAC-seq技术可以获得细胞在某特定时空下所有染色质展开区域的信息，可用于检测所有在该条件下发生转录的基因及其顺式调控元件；通过RNA-seq技术则可获得细胞在该特定时空下所有的转录本信息；将两者数据相整合则可推断相关基因上游的顺式调控序列，宏观分析细胞在该特定时空下整个基因组的调控网络。同时ATAC-seq测得的数据能更好的支撑和解释RNA-seq测得的数据，更为精确地探索基因高表达和低表达的转录调控机制。这一策略可以广泛应用于不同类型的细胞分化，肿瘤发生发展，以及胚胎发育等生物学过程的研究。
该技术在国外已经研究应用比在国内更加广泛，目前国内对于该技术的应用还是不是很多，但是，运用该技术发表高分文章的机会是很大的。比如《Nature》中发表的题目为“The landscape of accessible chromatin in mammalian preimplantation embryos”的文章影响因子为40.137，《Immunity》中发表的“Dynamic Changes in Chromatin Accessibility Occur in CD8+ T Cells Responding to Viral Infection”影响因子为22.844。
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1楼 2017-09-20 10:28:19
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diatrexue5

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zhouxueysq at 2018-06-13 11:42:55
有成熟的实验方法和步骤吗

目前已经很成熟了，有公司（www.diatre.com）有ATAC kit,即Assay for Transposase-Accessible Chromatin（ATAC）Library Prep Kit for Illumina，可解决冻存对结果影响。
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7楼2018-09-26 20:42:25
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drwhoknowss

荣誉版主 (正式写手)
★
omigen(金币+1): 谢谢参与
这两年很多人开始用了
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3楼2018-01-25 11:34:37
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zhouxueysq

新虫 (初入文坛)
★
omigen(金币+1): 谢谢参与
有成熟的实验方法和步骤吗
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5楼2018-06-13 11:42:55
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diatrexue5

新虫 (初入文坛)
★
omigen(金币+1): 谢谢参与
目前已经很成熟了，有公司（www.diatre.com）有ATAC kit,即Assay for Transposase-Accessible Chromatin（ATAC）Library Prep Kit for Illumina，可解决冻存对结果影响。
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6楼2018-09-26 20:40:52
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wdxmu4楼
2018-01-25 17:12   回复  
露和水8楼
2018-09-26 22:44   回复  
omigen(金币+1): 谢谢参与
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