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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】关于用GROMACS模拟polymer系统
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xiaowu759

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】关于用GROMACS模拟polymer系统

我有几十篇用GROMACS模拟polymer系统的文献。请问论坛里有用GROMACS模拟polymer系统的吗？如何建立polymer的top文件和gro文件，请给点建议吧
注：看过Manual、Mail list，但还是不知如何下手

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 21:38 ]
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1楼 2009-02-13 17:12:18
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tpp001

金虫 (著名写手)
★ ★
yuhuobuku(金币+2,VIP+0):欢迎参加讨论 3-11 09:24
gro文件很好得到,对于top文件我个人还是倾向自己写一个top,这样就可以任意的用自己选择的力场参数.
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迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
7楼2009-03-11 08:46:12
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xiaowu759

铁杆木虫 (著名写手)
据我所知，国内有好几个组用GROMACS模拟polymer，请问本论坛中有这些组的成员吗？
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2楼2009-02-22 14:44:17
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xuefei06

木虫 (正式写手)
★ ★
yuhuobuku(金币+2,VIP+0):欢迎讨论 2-23 08:37
polyer也是分子，同别的分子一样，会做蛋白质，这个就类似，推荐你个网站http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/prodrg/
你写上分子式或者结构文件，就可以生成gromacs的top和gro文件，具体的你看下这个网页的说明就可以了
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3楼2009-02-23 00:29:36
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xiaowu759

铁杆木虫 (著名写手)
但是PRODRG2只能转化小分子啊
引用回帖:
Originally posted by xuefei06 at 2009-2-23 00:29:
polyer也是分子，同别的分子一样，会做蛋白质，这个就类似，推荐你个网站http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/prodrg/
你写上分子式或者结构文件，就可以生成gromacs的top和gro文件，具体的你看下这个 ...

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4楼2009-02-26 20:24:35
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