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xiaowu759

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】关于用GROMACS模拟polymer系统

我有几十篇用GROMACS模拟polymer系统的文献。请问论坛里有用GROMACS模拟polymer系统的吗?如何建立polymer的top文件和gro文件,请给点建议吧
注:看过Manual、Mail list,但还是不知如何下手

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 21:38 ]
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xiaowu759

铁杆木虫 (著名写手)

据我所知,国内有好几个组用GROMACS模拟polymer,请问本论坛中有这些组的成员吗?
2楼2009-02-22 14:44:17
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xuefei06

木虫 (正式写手)

★ ★
yuhuobuku(金币+2,VIP+0):欢迎讨论 2-23 08:37
polyer也是分子,同别的分子一样,会做蛋白质,这个就类似,推荐你个网站http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/prodrg/
你写上分子式或者结构文件,就可以生成gromacs的top和gro文件,具体的你看下这个网页的说明就可以了
3楼2009-02-23 00:29:36
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xiaowu759

铁杆木虫 (著名写手)

但是PRODRG2只能转化小分子啊
引用回帖:
Originally posted by xuefei06 at 2009-2-23 00:29:
polyer也是分子,同别的分子一样,会做蛋白质,这个就类似,推荐你个网站http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/prodrg/
你写上分子式或者结构文件,就可以生成gromacs的top和gro文件,具体的你看下这个 ...

4楼2009-02-26 20:24:35
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panda_wendao

金虫 (小有名气)

★ ★
yuhuobuku(金币+2,VIP+0):欢迎参加讨论 3-11 08:36
残基的电荷分配需要用prodrg或自己用其他量化手段完成,然后在rtp文件中写出。
用pdb2gmx来构造top.
5楼2009-03-10 22:35:02
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xuefei06

木虫 (正式写手)

★ ★
yuhuobuku(金币+2,VIP+0):欢迎参加讨论 3-11 08:36
prodrg可以处理大分子,但要看你的分子有多大了,如果太大的话,用MS画polyer分子结构比较省事些,它可以定义重复结构单元,然后定义重复单元数,生成pdb文件在用Gromacs的pdb2gmx来处理就可以了
6楼2009-03-10 23:32:27
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tpp001

金虫 (著名写手)

★ ★
yuhuobuku(金币+2,VIP+0):欢迎参加讨论 3-11 09:24
gro文件很好得到,对于top文件我个人还是倾向自己写一个top,这样就可以任意的用自己选择的力场参数.
迷茫在知识的海洋里,需要你的指导。thankyou
7楼2009-03-11 08:46:12
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xiaowu759

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by tpp001 at 2009-3-11 08:46:
gro文件很好得到,对于top文件我个人还是倾向自己写一个top,这样就可以任意的用自己选择的力场参数.

一个聚合物链包含成千上万个原子,自己写top文件方便吗?
8楼2009-03-12 14:08:04
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