24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 2074  |  回复: 13

樱花崖下

木虫 (小有名气)

[求助] 高斯基态优化后苯环上多了一个键 已有1人参与

哪位好心的大神帮忙解决一下优化问题啊,我用的高斯09版本,分子式进行s0优化的时候,优化完成后,在gaussian view里看s0opt.log文件的结构,发现苯环上突然多了一个键,哪位大神知道怎么回事,小生刚开始学计算,现在一步也进行不下去啊,下面是我的图,只有C、N、H原子,用的是b3lyp/6-31g*进行的优化

高斯基态优化后苯环上多了一个键
360截图20170907172310617.jpg
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

lkk1213

新虫 (正式写手)

GV显示的成键,是根据原子间的距离判断的,不必太在意,

发自小木虫Android客户端

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

4楼2017-09-08 20:01:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ra2ghgzh

木虫 (正式写手)

学痴

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
把出错的苯环删掉,换成一个正确的苯环。试着旋转苯环的角度,每个角度做一次优化。
我永远当不了老板
3楼2017-09-08 14:08:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ABetaCare

捐助贵宾 (著名写手)

3楼别坑新人可以吗?同意4楼看法。
GV是根据元素半径和原子间距离来判断成键得的,一般来说会不准。
如果gjf文件里面用了geom=connectivity,会在GV打开gjf时候优先采用这个连接关系,但是打开out输出文件时候还是会重新判断连接。

量化计算只依赖于输入文件里面的坐标,几重键什么的不影响最终结果。分子力学计算才需要依赖连接关系。

如果你真的想知道最后形成了几重键,可以用Multiwfn算一下mayer键级。

sob老师离开小木虫,对于后来人真的是一个损失,很大很大的损失。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

懂一点点弱相互作用分析的电脑小白、EQ贫困户、高SQ烧脑症、自然科学忠实信徒、日常CSI下饭族。
5楼2017-09-09 09:16:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

樱花崖下

木虫 (小有名气)

没有人解决么
2楼2017-09-08 08:31:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ra2ghgzh

木虫 (正式写手)

学痴

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
樱花崖下: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2017-09-13 09:02:29
优化后的结果如下
高斯基态优化后苯环上多了一个键-1
gjf和log文件放在附件里了,你可以检查一下。
我猜测你优化出错的原因可能是把所有的二面角都设成了0度或者180度。这时的结构容易优化到过渡态上。

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : innocence.log
  • 2017-09-11 10:01:30, 744.48 K
  • 附件 2 : innocence.gjf
  • 2017-09-11 10:01:31, 3.18 K

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

我永远当不了老板
6楼2017-09-11 10:03:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

樱花崖下

木虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by ra2ghgzh at 2017-09-11 10:03:36
优化后的结果如下

gjf和log文件放在附件里了,你可以检查一下。
我猜测你优化出错的原因可能是把所有的二面角都设成了0度或者180度。这时的结构容易优化到过渡态上。...

感谢大神!!!
7楼2017-09-11 22:40:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

樱花崖下

木虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by lkk1213 at 2017-09-08 20:01:08
GV显示的成键,是根据原子间的距离判断的,不必太在意,

感谢大神 我再问一下 这里的实键和虚键是什么意思 我从CCDD上下载的晶体结构 看的时候还是双键 下载后就变成单键了 这是怎么回事呢
8楼2017-09-11 22:45:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

樱花崖下

木虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by ABetaCare at 2017-09-09 09:16:14
3楼别坑新人可以吗?同意4楼看法。
GV是根据元素半径和原子间距离来判断成键得的,一般来说会不准。
如果gjf文件里面用了geom=connectivity,会在GV打开gjf时候优先采用这个连接关系,但是打开out输出文件时候还是 ...

小生真是羞愧 初学计算竟不知有sob老师 我搜一下
9楼2017-09-11 22:48:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lkk1213

新虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by ABetaCare at 2017-09-09 09:16:14
3楼别坑新人可以吗?同意4楼看法。
GV是根据元素半径和原子间距离来判断成键得的,一般来说会不准。
如果gjf文件里面用了geom=connectivity,会在GV打开gjf时候优先采用这个连接关系,但是打开out输出文件时候还是 ...

你才是大神

发自小木虫Android客户端
10楼2017-09-11 23:55:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 樱花崖下 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 271求调剂 +32 2261744733 2026-04-11 33/1650 2026-04-15 22:03 by noqvsozv
[考研] 材料相关专业344求调剂双非工科学校或课题组 +21 hualkop 2026-04-12 23/1150 2026-04-15 22:02 by hualkop
[考研] 22408 312求调剂 +20 门路摸摸 2026-04-14 21/1050 2026-04-15 20:39 by cuisz
[考研] 一志愿鲁东大学071000生物学学硕初试分数276求调剂 +26 慕绝cc 2026-04-09 30/1500 2026-04-14 18:50 by 蔡苏阳
[考研] 366求调剂 +11 不知名的小卅 2026-04-11 11/550 2026-04-14 15:50 by zs92450
[考研] 071000生物学调剂求助 +18 zzzzwww 2026-04-09 21/1050 2026-04-14 15:39 by zs92450
[考研] 材料考研调剂 +29 云木达达 2026-04-11 31/1550 2026-04-13 13:32 by lyh鲁老师
[考研] 290求调剂 +18 柯淮然 2026-04-12 20/1000 2026-04-13 12:56 by cyh—315
[考研] 280求调剂 +13 wzzz王 2026-04-09 13/650 2026-04-12 00:31 by 勇攀高峰0126
[考研] 材料工程日语考生求调剂 +7 0856?调剂 2026-04-10 7/350 2026-04-11 21:33 by 蓝云思雨
[考研] 调剂求助 +6 果然有我 2026-04-11 7/350 2026-04-11 16:22 by 明月此时有
[考研] 085501机械专硕 302分 不挑专业求调剂 +7 汪某. 2026-04-09 7/350 2026-04-11 14:37 by luhong1990
[考研] 284求调剂 +12 archer.. 2026-04-10 13/650 2026-04-11 08:44 by zhq0425
[考研] 309求调剂 +14 wdhw 2026-04-10 15/750 2026-04-10 21:06 by zhouxiaoyu
[考研] 吉大计算机技术331分,英语六级,求调剂 +3 峰峰021116 2026-04-09 3/150 2026-04-10 20:01 by chemisry
[考研] 一志愿矿大,材料工程专硕314分,0856可调都可以 +15 无懈可击的巨人 2026-04-09 15/750 2026-04-10 18:10 by hmn_wj
[考研] 一志愿沪9,326生物学求相关专业调剂 +4 刘墨墨 2026-04-09 4/200 2026-04-10 12:07 by pengliang8036
[考研] 314求调剂 +14 weltZeng 2026-04-09 14/700 2026-04-09 23:14 by wolf97
[考研] 本科211 工科085400 280分求调剂 可跨专业 +3 LZH(等待调剂中 2026-04-09 3/150 2026-04-09 21:29 by wutongshun
[考研] 348求调剂 +3 candyyyi 2026-04-09 3/150 2026-04-09 17:20 by 段伟艳
信息提示
请填处理意见