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樱花崖下

木虫 (小有名气)

[求助] 高斯基态优化后苯环上多了一个键已有1人参与

哪位好心的大神帮忙解决一下优化问题啊,我用的高斯09版本,分子式进行s0优化的时候,优化完成后,在gaussian view里看s0opt.log文件的结构,发现苯环上突然多了一个键,哪位大神知道怎么回事,小生刚开始学计算,现在一步也进行不下去啊,下面是我的图,只有C、N、H原子,用的是b3lyp/6-31g*进行的优化

高斯基态优化后苯环上多了一个键
360截图20170907172310617.jpg
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lkk1213

新虫 (正式写手)

GV显示的成键,是根据原子间的距离判断的,不必太在意,

发自小木虫Android客户端

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

4楼2017-09-08 20:01:08
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ra2ghgzh

木虫 (正式写手)

学痴

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
把出错的苯环删掉,换成一个正确的苯环。试着旋转苯环的角度,每个角度做一次优化。
我永远当不了老板
3楼2017-09-08 14:08:50
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ABetaCare

捐助贵宾 (著名写手)

3楼别坑新人可以吗?同意4楼看法。
GV是根据元素半径和原子间距离来判断成键得的,一般来说会不准。
如果gjf文件里面用了geom=connectivity,会在GV打开gjf时候优先采用这个连接关系,但是打开out输出文件时候还是会重新判断连接。

量化计算只依赖于输入文件里面的坐标,几重键什么的不影响最终结果。分子力学计算才需要依赖连接关系。

如果你真的想知道最后形成了几重键,可以用Multiwfn算一下mayer键级。

sob老师离开小木虫,对于后来人真的是一个损失,很大很大的损失。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

懂一点点弱相互作用分析的电脑小白、EQ贫困户、高SQ烧脑症、自然科学忠实信徒、日常CSI下饭族。
5楼2017-09-09 09:16:14
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普通回帖

樱花崖下

木虫 (小有名气)

没有人解决么
2楼2017-09-08 08:31:05
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ra2ghgzh

木虫 (正式写手)

学痴

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
樱花崖下: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2017-09-13 09:02:29
优化后的结果如下
高斯基态优化后苯环上多了一个键-1
gjf和log文件放在附件里了,你可以检查一下。
我猜测你优化出错的原因可能是把所有的二面角都设成了0度或者180度。这时的结构容易优化到过渡态上。

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  • 附件 1 : innocence.log
  • 2017-09-11 10:01:30, 744.48 K
  • 附件 2 : innocence.gjf
  • 2017-09-11 10:01:31, 3.18 K

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

我永远当不了老板
6楼2017-09-11 10:03:36
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樱花崖下

木虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by ra2ghgzh at 2017-09-11 10:03:36
优化后的结果如下

gjf和log文件放在附件里了,你可以检查一下。
我猜测你优化出错的原因可能是把所有的二面角都设成了0度或者180度。这时的结构容易优化到过渡态上。...

感谢大神!!!
7楼2017-09-11 22:40:56
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樱花崖下

木虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by lkk1213 at 2017-09-08 20:01:08
GV显示的成键,是根据原子间的距离判断的,不必太在意,

感谢大神 我再问一下 这里的实键和虚键是什么意思 我从CCDD上下载的晶体结构 看的时候还是双键 下载后就变成单键了 这是怎么回事呢
8楼2017-09-11 22:45:22
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樱花崖下

木虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by ABetaCare at 2017-09-09 09:16:14
3楼别坑新人可以吗?同意4楼看法。
GV是根据元素半径和原子间距离来判断成键得的,一般来说会不准。
如果gjf文件里面用了geom=connectivity,会在GV打开gjf时候优先采用这个连接关系,但是打开out输出文件时候还是 ...

小生真是羞愧 初学计算竟不知有sob老师 我搜一下
9楼2017-09-11 22:48:40
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lkk1213

新虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by ABetaCare at 2017-09-09 09:16:14
3楼别坑新人可以吗?同意4楼看法。
GV是根据元素半径和原子间距离来判断成键得的,一般来说会不准。
如果gjf文件里面用了geom=connectivity,会在GV打开gjf时候优先采用这个连接关系,但是打开out输出文件时候还是 ...

你才是大神

发自小木虫Android客户端
10楼2017-09-11 23:55:16
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