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kzx_33

金虫 (著名写手)

[交流] 如何用Hyperchem及Chem3D软件计算一个小分子(如甲苯)的范德华三围?

如何用Hyperchem及Chem3D软件计算一个小分子(如甲苯)的范德华三围?
这两个软件可以做到吗?三围是指:a*b*c(长宽高)各是多少?

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-11-26 at 14:36 ]
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jghe

金虫 (著名写手)


xuefei06(金币+1,VIP+0):thanks! 2-13 21:13
分子有体积,可以用Hyperchem 错略估计,但你说的三围是指:a*b*c(长宽高) 是什么?分子一般很不规则的
2楼2009-02-12 20:58:41
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kzx_33

金虫 (著名写手)

是指长宽高,虽然分子不规律,但是应该可以计算出最大三个参数的最大值吧,也就是说在每一维上可以求出最大的值(能量最小化后).比如正已烷的长应该是沿六个碳原子方向再加上氢的范德华半径,但是我不知道用软件怎么计算啊
3楼2009-02-12 21:50:20
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)


xuefei06(金币+1,VIP+0):thanks! 2-13 21:12
这个,呵呵,如果只是要算一个可能容纳分子的盒子,直接打开坐标文件,x,y,z 三个方向上距离一眼就能看出来了,大不了再加上指定原子的 van der Waals 半径即可
4楼2009-02-12 22:18:46
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kzx_33

金虫 (著名写手)

我的意思就是楼上所说的,能不能具体说说该怎么操作啊?你是用HyperChem吗?我仅了解一些Chem3D的用法.
5楼2009-02-13 09:56:04
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)


xuefei06(金币+1,VIP+0):thanks! 2-13 21:12
把分子三维坐标存成 .xyz 格式的,然后用最基本的加减法就可以搞定,呵呵……
6楼2009-02-13 12:08:11
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7楼2009-08-25 16:11:35
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fhqbdi

木虫 (正式写手)

你好


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by kzx_33 at 2009-2-12 21:50:
是指长宽高,虽然分子不规律,但是应该可以计算出最大三个参数的最大值吧,也就是说在每一维上可以求出最大的值(能量最小化后).比如正已烷的长应该是沿六个碳原子方向再加上氢的范德华半径,但是我不知道用软件怎么计 ...

能量最小化用chem3D怎么做到的
8楼2009-08-29 22:28:02
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neweroica

木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
主轴问题。将图中分子的位置坐标张量矩阵A进行对角化(一定有解,因为A是个实对称阵),三个特征向量就是分子的三个主轴。三围就是分子在这三个主轴上的尺寸。

另外,从三个特征值上可以看出分子的形状特征:
可以证明(此略),分子的位置张量矩阵A含有三个非负特征值。
当其零特征值的数目分别为3、2、1和0时,分子分别是点状、线状、面状和体状的。
如果位置张量矩阵A的某几个特征值相等,那么分子在相应的这几个方向上的形状也就相同。对于多面体群(如I, Ih, O, Oh, T, Td, Th),三个特征值都相等。

[ Last edited by neweroica on 2009-8-29 at 22:47 ]
Simpler, stronger, more tolerant
9楼2009-08-29 22:39:11
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zhouxu1986

铁虫 (正式写手)

10楼2011-04-23 18:11:52
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