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gromacs tutorials 水中的甲烷自由能计算步骤？ 已有1人参与
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请问一下，gromacs tutorials 水中的甲烷自由能计算的例子中，perl write_mdp.pl xxx.mdp 出来了em_steep_xx.mdp em_l-bfgs_xx.mdp nvt_xx.mdp npt_xx.mdp md_xx.mdp 以及job_xx.sh 之后接下来怎么算？所需要用的命令是什么？ 另外请看一下例子里的说明， The job.sh script I provide for running these calculations will create the following directory hierarchy: Lambda_0/ Lambda_0/EM_1/ Lambda_0/EM_2/ Lambda_0/NVT/ Lambda_0/NPT/ Lambda_0/Production_MD/ This way, all steps in the workflow are executed within a single directory for each value of λ. I find this to be a convenient way to organize the jobs and their output. 这个说明上说的有些不清楚啊，job.sh脚本将会创建以下目录~~所用命令是什么啊 |
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【答案】应助回帖
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看job.sh文件说明 ，改一下环境变量的值，也就是你这个模拟的根目录，比如你在目录A下开始模拟 那么FREE_ENERGY=/home/你用户名/A 改完后再生成其他的job.sh 会有20个 然后A目录下要自己建立MDP 文件夹（该文件夹下要建立 EM,NVT,NPT,Production_MD文件夹，分别存放生成的mdp文件），再建立一个Methane 文件夹（放结构文件和力场）。这些从job.sh文件中可以得知。 即你的A目录下 MDP EM NVT NPT Production_MD Methane job_0.sh ..... job_20.sh |
2楼2021-03-05 19:42:25
3楼2021-03-05 19:45:28