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alv368

新虫 (初入文坛)

[求助] MS Amorphous cell中构建晶胞缺少力场参数 已有2人参与

我在MS Amorphous cell中构建晶胞,体系中含有氯化氢分子,乙炔和季鏻盐,用CVFF力场计算显示没有氯化氢分子的力场参数(Can't assign forcefield atom types to the constituent molecules. The typing engine has failed to calculate a forcefield type for 2 atoms.
The charging engine has failed to calculate a charge for 2 atoms.),但是用Cl原子和H原子分别模拟都可以计算。然后我尝试了系统里自带的所有的力场,都提示有些原子没有力场参数(compass,cff,pcff)。那我想问一下这样就是不能建立无定形晶胞了?本来是打算跑动力学的,想问一下还有没有解决的方法?谢谢啦
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月上狼图

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

哇 我遇到同样的问题,楼主知道这是怎么回事了吗
4楼2017-09-21 23:51:16
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sunny11223

铁杆木虫 (著名写手)

检查一下你构建的基本单元 氯化氢分子,乙炔和季鏻盐,是否正确

发自小木虫IOS客户端
2楼2017-08-25 22:17:01
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alv368

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by sunny11223 at 2017-08-25 22:17:01
检查一下你构建的基本单元 氯化氢分子,乙炔和季鏻盐,是否正确

不好意思回复晚了,我有重新画过分子,应该结构没有错
我在Amorphous cell calculation中选择了construction,然后选择了COMPASS 和COMPASSⅡ力场分别计算,就可以计算了。但是直接选择Amorphous cell 模块的construction,就不可以计算,我想知道这俩个有什么区别?
3楼2017-08-31 14:35:42
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

首先需要确定 氯化氢 分子存在吗? 力场也是人开发的,开发力场也是基于物理和化学原理的,不会去开发不常见的分子的力场,更不会去开发不存在的分子的力场

一般情况下  HCl  是以H+  和 Cl-  的形式存在的,所以H+  和 Cl-   的力场都是很常见的,而HCl的力场不常见。
5楼2017-09-22 09:45:14
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