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Leo郭浩

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于重叠pcr 有一些问题 已有2人参与

重叠pcr的引物方面,第一个基因的下游引物和第二个基因的上游引物,不都包含另一个片段的一小部分,那么如果我要融合的这两个基因片段是在同一个基因组上,那么如何保证,他们各自的特异结合呢,是靠长度吗。如果靠长度的话,那么同一个片段的上下游引物,退火温度差太多,该怎么选择呢??

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snoopytbw

荣誉版主 (著名写手)

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感谢参与,应助指数 +1
引物的退火温度不要纠结,用好一点的酶,不要用taq酶,一般没问题,比平均TM值高2度,一般都很好的。你的目标是扩增,不是检测,所以只要扩出来就好了瓦。

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2楼2017-08-24 08:52:06
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snoopytbw

荣誉版主 (著名写手)

做融合蛋白,常规都是两段直接连接,记得起始密码子和终止密码子的位置即可,如果要WB,就在设计几个组,每个组分别在对应基因后面加his标签,应该是这样吧。
3楼2017-08-24 08:53:52
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Leo郭浩

新虫 (初入文坛)

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引用回帖:
2楼: Originally posted by snoopytbw at 2017-08-24 08:52:06
引物的退火温度不要纠结,用好一点的酶,不要用taq酶,一般没问题,比平均TM值高2度,一般都很好的。你的目标是扩增,不是检测,所以只要扩出来就好了瓦。

您好,您一般做,退火温度都是平均Tm值家2℃?   就比如一个是60,一个是66。您的退火温度是63?      另外,我用的是primerStar这种酶。

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4楼2017-08-24 13:05:07
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Leo郭浩

新虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by Leo郭浩 at 2017-08-24 13:05:07
您好,您一般做,退火温度都是平均Tm值家2℃?   就比如一个是60,一个是66。您的退火温度是63?      另外,我用的是primerStar这种酶。
...

不对,写错了。上面那个例子,您的退火温度是65?   
另外,在请问一下,这个体系的问题。我用这个PrimerStar的酶,50ul体系分别扩增出来两个目的片段,胶回收产物之后,先不加引物,把这两个片段混合扩增8-10个循环,这时候,加入的片段含量和其他原料含量应该是多少,用多少的体系。   再接下来的拼接体系,就直接加入两个引物片段就可以??

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5楼2017-08-24 13:50:37
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爱睡猪

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
5楼: Originally posted by Leo郭浩 at 2017-08-24 13:50:37
不对,写错了。上面那个例子,您的退火温度是65?   
另外,在请问一下,这个体系的问题。我用这个PrimerStar的酶,50ul体系分别扩增出来两个目的片段,胶回收产物之后,先不加引物,把这两个片段混合扩增8-10个循 ...

8-10个循环的时候其他的组分按照正常操作标准添加,只是没有引物,后续拼接的时候可以选择直接加引物也可以选择取10ul的样子作为模板,再配一个体系,我都试过,两个的结果是一样的,有兴趣你也可以尝试一下。
ControlMyself
6楼2017-08-25 10:07:13
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0624z

新虫 (初入文坛)

我做了好多次融合pcr了,用的是新霉素基因和芽孢杆菌上的基因。一直摸索不出来。每次扩增条带都很散,扩增不出来。请问大神有什么指教。

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7楼2018-03-12 09:34:51
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