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Leo郭浩

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于菌批验证结果和测序结果不一致的原因

通过酶切和酶连构建一个载体,我做菌批验证的时候,用的是我自己片段的引物验证,能够p出来正确的条带,然后我送去测序,测序结果是空载体。  请问这是为什么?

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18253592055

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by Leo郭浩 at 2017-08-20 12:55:08
您好,请问阴性对照怎么个做法。我是用我自己片段的引物批的,师兄说他都用载体上的通用引物批,然后我用通用引物批了一下,的确还是空载。所以我现在就是好奇哪里出了问题,怎么用我自己引物会批出条带,一般是怎 ...

其实用载体上的引物和你自己的引物没有区别,如果照你这么说很大的可能是你本身引起的问题,一是你的引物特异性不高,你pcr里的条带是杂带只不过大小刚好跟你要的目的条带一样,而是你的引物在稀释或者使用过程中污染了。建议你在做的时候其中一个平行管里不加模版也就是不加菌,其他都一样作为阴性(目的看你的引物有没有污染),另外可以加一个以空载质粒为模版的管(质粒稀释成1ng/ul,pcr体系中加1ul,目的是看你的引物是不是特异性不高)希望我说的你能明白

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4楼2017-08-20 14:25:39
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18253592055

金虫 (正式写手)

你说的是菌批验证是菌落pcr?如果是的话,不知道你做的时候有没有做隐性对照,如果没做的话可能是污染了,如果做了阴性没有带,其他的有目的条带的话我建议以测序结果为准

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2楼2017-08-19 23:20:48
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Leo郭浩

新虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 18253592055 at 2017-08-19 23:20:48
你说的是菌批验证是菌落pcr?如果是的话,不知道你做的时候有没有做隐性对照,如果没做的话可能是污染了,如果做了阴性没有带,其他的有目的条带的话我建议以测序结果为准
...

您好,请问阴性对照怎么个做法。我是用我自己片段的引物批的,师兄说他都用载体上的通用引物批,然后我用通用引物批了一下,的确还是空载。所以我现在就是好奇哪里出了问题,怎么用我自己引物会批出条带,一般是怎么个污染法呢?  谢谢。

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3楼2017-08-20 12:55:08
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18253592055

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 18253592055 at 2017-08-20 14:25:39
其实用载体上的引物和你自己的引物没有区别,如果照你这么说很大的可能是你本身引起的问题,一是你的引物特异性不高,你pcr里的条带是杂带只不过大小刚好跟你要的目的条带一样,而是你的引物在稀释或者使用过程中污 ...

10ng/ul,加1ul
,打错了

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5楼2017-08-20 14:27:03
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