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qhiv6

新虫 (小有名气)

[交流] 请问有没有做过甲基化的大神?有问题想问一下 已有3人参与

首先,我要做的是BSP,已经提完基因组了,正在准备做重亚硫酸盐修饰,昨天做过一次,效果不好,甚至说很差,做过之后电泳没有条带,浓度低,估计测的也不是DNA浓度了,电泳都没有条带,也有可能降解了。
以上就是我做的描述,问题如下,
1,做完重亚硫酸盐修饰之后如何能验证修饰是否成功?只能是通过PCR,连载体测序么?
2,提的基因组浓度不太高,对修饰有没有影响?基本都在80-150ng/ul之间,修饰的时候用的是10ul,试剂盒用的是NEB的甲基化修饰试剂盒,都按说明书上操作。
3,过程中怎么能尽量使基因组少降解?
谢谢各位大神们!

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lyzjc

银虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
交流下吧,在修饰完之后,电泳检测不出来的,一般都是直接拿修饰之后的基因组DNA,直接PCR,看PCR的效果如何。
我用的是zymo的试剂盒,提取的基因组浓度大概在200ng/ul,修饰所用基因组是20微升。没用过NEB试剂盒,不过一般按照说明书操作是没有问题的。
BS-PCR效果还不错。

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zhaijc@foxmail.com
2楼2017-08-19 09:59:33
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qhiv6

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by lyzjc at 2017-08-19 09:59:33
交流下吧,在修饰完之后,电泳检测不出来的,一般都是直接拿修饰之后的基因组DNA,直接PCR,看PCR的效果如何。
我用的是zymo的试剂盒,提取的基因组浓度大概在200ng/ul,修饰所用基因组是20微升。没用过NEB试剂盒, ...

哦,谢谢!!

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3楼2017-08-19 20:28:25
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251779193

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
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2楼: Originally posted by lyzjc at 2017-08-19 09:59:33
交流下吧,在修饰完之后,电泳检测不出来的,一般都是直接拿修饰之后的基因组DNA,直接PCR,看PCR的效果如何。
我用的是zymo的试剂盒,提取的基因组浓度大概在200ng/ul,修饰所用基因组是20微升。没用过NEB试剂盒, ...

你好!那我用过zymo得到dna之后该怎么做?
4楼2017-08-21 17:01:55
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jie_1994

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
甲基化修饰过后的因为把C碱基变成了U碱基,所以应该是单链,无法电泳检测到的甲基化

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5楼2017-08-21 17:12:25
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