24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 999  |  回复: 14

yeahhanpei

金虫 (正式写手)

[交流] 请问怎么找到各个分子的偶极矢量

如图中文字所述,要找到AC 分子的偶极矢量夹角与质心坐标的关系,有两个问题:
1.在MS中怎么样才能找到分子的偶极矢量方向?
2.如何可以找到质心,因为分子比较多,一个一个的找很繁琐,想问下有木有简单的方法可以全部找出来?

请问怎么找到各个分子的偶极矢量


发自小木虫Android客户端
回复此楼
我的梦想那么大,我却离得那么远!
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

dingweilu

新虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
yeahhanpei: 金币+5 2017-07-24 11:32:54
具体是什么分子呢?还有,你的很多分子有多少?是用动力学处理的吗

发自小木虫Android客户端
4楼2017-07-24 09:43:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

dingweilu

新虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
yeahhanpei: 金币+3 2017-07-23 09:23:41
就是计算分子偶极距投影到垂直于分子吸附表面轴上的分量

发自小木虫Android客户端
2楼2017-07-22 23:45:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yeahhanpei

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by dingweilu at 2017-07-22 23:45:46
就是计算分子偶极距投影到垂直于分子吸附表面轴上的分量

是这样的,但是应该如何操作呢

发自小木虫Android客户端
我的梦想那么大,我却离得那么远!
3楼2017-07-23 09:24:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yeahhanpei

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by dingweilu at 2017-07-24 09:43:22
具体是什么分子呢?还有,你的很多分子有多少?是用动力学处理的吗

200个丙酮分子。是做动力学处理的,不过我有个疑问:在做偶极矩的时候,是要分析平衡后的轨迹文件,还是分析其中某一个,个人觉得应该是轨迹文件,只是不清楚具体该怎么做
我的梦想那么大,我却离得那么远!
5楼2017-07-24 11:00:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dingweilu

新虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
个人觉得要用轨迹文件,因为算夹角和坐标有关,而每一步的构象坐标都不相同

发自小木虫Android客户端

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

6楼2017-07-25 16:05:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yeahhanpei

金虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by dingweilu at 2017-07-25 16:05:02
个人觉得要用轨迹文件,因为算夹角和坐标有关,而每一步的构象坐标都不相同

是这样,但就是不清楚如何操作

发自小木虫Android客户端
我的梦想那么大,我却离得那么远!
7楼2017-07-26 09:09:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dingweilu

新虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
你处理的是丙酮的话,分子是对称的,那可以先用ms找一个分子的质心,

发自小木虫Android客户端
8楼2017-07-26 09:41:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dingweilu

新虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
具体来说就是我帮你优化了丙酮,发现它的羰基碳原子就是质心,那我觉得可以这样,偶极距的其中一个分量正好是处在羰基键伸缩方向的,所以对于轨迹生成的系列构象的坐标写脚本或者导入excel用公式编辑,但是默认质心不变,这样只需要对有变化的构象求cos角就够了

发自小木虫Android客户端

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

9楼2017-07-26 09:46:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dingweilu

新虫 (著名写手)

10楼2017-07-26 09:47:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yeahhanpei 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 博士申请 +6 星…… 2026-05-18 7/350 2026-05-24 22:45 by 预约这个秋天
[基金申请] 青B发送上会通知了吗 +5 chemBioBro 2026-05-22 8/400 2026-05-24 22:10 by Max0601
[考博] 化学专业申博 +3 赵子羊 2026-05-23 4/200 2026-05-24 18:10 by 工大学长
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 1rx34o113h 2026-05-23 3/150 2026-05-24 17:41 by 0i3mu4vkjz
[基金申请] 评审有感 +16 popular289 2026-05-18 27/1350 2026-05-24 17:34 by hhs666
[教师之家] 论文撤稿了 +4 bjvtcliu 2026-05-24 7/350 2026-05-24 17:29 by bjvtcliu
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 hvkbtfonbv 2026-05-23 3/150 2026-05-24 17:10 by 75ui6h7z2t
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 hvkbtfonbv 2026-05-23 3/150 2026-05-24 17:01 by 75ui6h7z2t
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 a2tycdlnq1 2026-05-23 5/250 2026-05-24 16:21 by hhx1yx9evi
[基金申请] 河北省自然科学基金 +6 Peterchao 2026-05-18 9/450 2026-05-24 16:02 by 130067131
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 pmo95bazuy 2026-05-23 8/400 2026-05-24 15:56 by 1uy1ht2y9r
[基金申请] 西安交大新媒学院副院长用撤稿论文结题 +3 bjvtcliu 2026-05-24 5/250 2026-05-24 10:16 by kudofaye
[教师之家] 某211大学教师把个人教师官方主页改成:我跑了我跑了我跑了!官宣跑路! +4 zju2000 2026-05-21 5/250 2026-05-24 09:35 by songwz
[考博] 26/27申博自荐 10+4 ZXW0202 2026-05-22 9/450 2026-05-24 08:47 by bjvtcliu
[考博] 博士申请 +3 焦晓明 2026-05-21 3/150 2026-05-23 11:26 by mlc840311
[论文投稿] 投稿求助,期刊 +4 希冀,有书读 2026-05-20 8/400 2026-05-22 10:16 by 希冀,有书读
[文学芳草园] 献血感触 +7 呀呀好傻 2026-05-19 13/650 2026-05-21 20:15 by 呀呀好傻
[基金申请] 国自然评分 +4 无名者登山 2026-05-20 5/250 2026-05-21 16:35 by swuq
[基金申请] 提交了我也来说说感想 +9 fummck 2026-05-20 10/500 2026-05-21 14:17 by draco1987
[有机交流] 反应很差,大量原料没有反应 5+3 Mr.Zot 2026-05-19 8/400 2026-05-20 22:19 by Equinoxhua
信息提示
请填处理意见