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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 请问怎么找到各个分子的偶极矢量
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yeahhanpei

金虫 (正式写手)

[交流] 请问怎么找到各个分子的偶极矢量

如图中文字所述，要找到AC 分子的偶极矢量夹角与质心坐标的关系，有两个问题:
1.在MS中怎么样才能找到分子的偶极矢量方向？
2.如何可以找到质心，因为分子比较多，一个一个的找很繁琐，想问下有木有简单的方法可以全部找出来？

请问怎么找到各个分子的偶极矢量


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我的梦想那么大，我却离得那么远！
1楼 2017-07-22 20:45:24
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dingweilu

新虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
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yeahhanpei: 金币+5 2017-07-24 11:32:54
具体是什么分子呢？还有，你的很多分子有多少？是用动力学处理的吗

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4楼2017-07-24 09:43:22
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dingweilu

新虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
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yeahhanpei: 金币+3 2017-07-23 09:23:41
就是计算分子偶极距投影到垂直于分子吸附表面轴上的分量

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2楼2017-07-22 23:45:46
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yeahhanpei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by dingweilu at 2017-07-22 23:45:46
就是计算分子偶极距投影到垂直于分子吸附表面轴上的分量

是这样的，但是应该如何操作呢

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我的梦想那么大，我却离得那么远！
3楼2017-07-23 09:24:00
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yeahhanpei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by dingweilu at 2017-07-24 09:43:22
具体是什么分子呢？还有，你的很多分子有多少？是用动力学处理的吗

200个丙酮分子。是做动力学处理的，不过我有个疑问：在做偶极矩的时候，是要分析平衡后的轨迹文件，还是分析其中某一个，个人觉得应该是轨迹文件，只是不清楚具体该怎么做
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我的梦想那么大，我却离得那么远！
5楼2017-07-24 11:00:08
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dingweilu

新虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
个人觉得要用轨迹文件，因为算夹角和坐标有关，而每一步的构象坐标都不相同

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yeahhanpei
6楼2017-07-25 16:05:02
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yeahhanpei

金虫 (正式写手)
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引用回帖:
6楼: Originally posted by dingweilu at 2017-07-25 16:05:02
个人觉得要用轨迹文件，因为算夹角和坐标有关，而每一步的构象坐标都不相同

是这样，但就是不清楚如何操作

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我的梦想那么大，我却离得那么远！
7楼2017-07-26 09:09:34
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dingweilu

新虫 (著名写手)
★
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你处理的是丙酮的话，分子是对称的，那可以先用ms找一个分子的质心，

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8楼2017-07-26 09:41:16
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dingweilu

新虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
具体来说就是我帮你优化了丙酮，发现它的羰基碳原子就是质心，那我觉得可以这样，偶极距的其中一个分量正好是处在羰基键伸缩方向的，所以对于轨迹生成的系列构象的坐标写脚本或者导入excel用公式编辑，但是默认质心不变，这样只需要对有变化的构象求cos角就够了

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yeahhanpei
9楼2017-07-26 09:46:35
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dingweilu

新虫 (著名写手)
请问怎么找到各个分子的偶极矢量-1

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10楼2017-07-26 09:47:02
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