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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 请问怎么找到各个分子的偶极矢量
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dingweilu

新虫 (著名写手)
请问怎么找到各个分子的偶极矢量

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11楼2017-07-26 09:47:28
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dingweilu

新虫 (著名写手)
以上两图是我算的偶极距分量方向和质心，可以参考下

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12楼2017-07-26 09:48:12
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yeahhanpei

金虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
9楼: Originally posted by dingweilu at 2017-07-26 09:46:35
具体来说就是我帮你优化了丙酮，发现它的羰基碳原子就是质心，那我觉得可以这样，偶极距的其中一个分量正好是处在羰基键伸缩方向的，所以对于轨迹生成的系列构象的坐标写脚本或者导入excel用公式编辑，但是默认质心 ...

美女姐姐，我可不可以这样理解：找到轨迹中丙酮分子的质心，然后各个分子的偶极矩方向是和相应分子的质心（坐标）有关的，这样也就知道了偶极矩的方向，再然后就可以得到各个偶极矩与Z轴的夹角了θ 了。（前提是需要把轨迹文件坐标转换出来）。这样应该是对的吧
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我的梦想那么大，我却离得那么远！
13楼2017-07-26 12:05:15
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dingweilu

新虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
yeahhanpei: 金币+2, 系统原因，最多只能再给两个了 2017-07-26 15:13:19
就是默认丙酮分子的质心始终在羰基碳上，而其中一个偶极距的方向经过羰基的两个原子确定的直线上，如果你正好需要这个分量的偶极距，那就直接提取轨迹中的这两个原子的坐标处理就行

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14楼2017-07-26 15:07:56
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yeahhanpei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
14楼: Originally posted by dingweilu at 2017-07-26 15:07:56
就是默认丙酮分子的质心始终在羰基碳上，而其中一个偶极距的方向经过羰基的两个原子确定的直线上，如果你正好需要这个分量的偶极距，那就直接提取轨迹中的这两个原子的坐标处理就行
...

明白了，谢谢耐心解答

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我的梦想那么大，我却离得那么远！
15楼2017-07-26 15:12:29
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