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dingweilu

新虫 (著名写手)

11楼2017-07-26 09:47:28
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dingweilu

新虫 (著名写手)

以上两图是我算的偶极距分量方向和质心,可以参考下

发自小木虫Android客户端
12楼2017-07-26 09:48:12
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yeahhanpei

金虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
9楼: Originally posted by dingweilu at 2017-07-26 09:46:35
具体来说就是我帮你优化了丙酮,发现它的羰基碳原子就是质心,那我觉得可以这样,偶极距的其中一个分量正好是处在羰基键伸缩方向的,所以对于轨迹生成的系列构象的坐标写脚本或者导入excel用公式编辑,但是默认质心 ...

美女姐姐,我可不可以这样理解:找到轨迹中丙酮分子的质心,然后各个分子的偶极矩方向是和相应分子的质心(坐标)有关的,这样也就知道了偶极矩的方向,再然后就可以得到各个偶极矩与Z轴的夹角了θ 了。(前提是需要把轨迹文件坐标转换出来)。这样应该是对的吧
我的梦想那么大,我却离得那么远!
13楼2017-07-26 12:05:15
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dingweilu

新虫 (著名写手)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
yeahhanpei: 金币+2, 系统原因,最多只能再给两个了 2017-07-26 15:13:19
就是默认丙酮分子的质心始终在羰基碳上,而其中一个偶极距的方向经过羰基的两个原子确定的直线上,如果你正好需要这个分量的偶极距,那就直接提取轨迹中的这两个原子的坐标处理就行

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14楼2017-07-26 15:07:56
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yeahhanpei

金虫 (正式写手)

引用回帖:
14楼: Originally posted by dingweilu at 2017-07-26 15:07:56
就是默认丙酮分子的质心始终在羰基碳上,而其中一个偶极距的方向经过羰基的两个原子确定的直线上,如果你正好需要这个分量的偶极距,那就直接提取轨迹中的这两个原子的坐标处理就行
...

明白了,谢谢耐心解答

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我的梦想那么大,我却离得那么远!
15楼2017-07-26 15:12:29
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