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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 继续求助A类错误的解决方案，结构精修的问题！——感谢各位老师们
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铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 继续求助A类错误的解决方案，结构精修的问题！——感谢各位老师们 已有2人参与

小白最近一直在学习精修；遇到的问题很多，百度，小木虫都给了很多帮助，无奈，问题总是有，所以继续求解，感谢各位老师耐心指导
情况具体是这样的：
和上次求助的一个系列的结构，初步解析好了，也精修得还好，而且都加了氢；残峰在2左右；那么我就想肯定需要把这些残峰指认为溶剂（此处溶剂为水或者乙醇）；其实不指认的时候，解析的问题都不大，shift在0，gof在1.05，Rint 2.08%，R1 7%，omit了8个点，不算多，但是A错误提示有“_diffrn_measured_fraction_theta_full value Low .      0.924 ”这个问题；还有问题就是残峰的问题“ Isotropic non-H Atoms in Main Residue(s) .......         58 Report”

然后我就按照自己的理解，开始指认残峰为溶剂峰，各种C和O加上去之后，怎么shift gof peak值全部都变得更加错误？想请教各位老师们，我的问题在哪里？下面是问题：
1。按照残峰大小次序，依次改为O或者C这样，但是若做椭球，椭球就尖得厉害，删除反而数据更好；但是残峰不指认也不对，此时该做什么修正？
2.  指认残峰之后，如果添加anis命令，暂时可以把数据修好得一点点，但是加氢之后又废掉；此时我需要做什么改进？
3.  最重大的一个问题是，不指认残峰的时候，各个原子都正常显示；当指认了残峰之后，原先解好的原子（C、N等）周围出现 1. 几的q峰；然后我指认这些q峰为C、N，并且把占有率分配好，和原先已经解好的C、N合作成一个原子，但是我发现这个处理方式有问题，因为越指认和越分配占有率，就会出现越来越多的类似q峰在越来越多的已解好的原子周围出现。。。所以我觉得虽然这样处理可以一定程度让数据满意，但是肯定是不对的方法；此时我该怎么样处理呢？之前一个结构的金属原子周围也是不断出现邻得很近的2-3左右的q峰，也是按照占有率的处理不得解法，所以此处一并请教老师！
附上指认残峰之后的a错误
Alert level A
EXPT005_ALERT_1_A  _exptl_crystal_description is missing
            Crystal habit description.
            The following tests will not be performed.
            CRYSR_01
ABSTY03_ALERT_1_A  The _exptl_absorpt_correction_type has been given as none.
            However a value has been given for _exptl_absorpt_process_details.
  From the CIF: _exptl_absorpt_process_details         SADABS-2008/1 (Bruker,200
PLAT029_ALERT_3_A _diffrn_measured_fraction_theta_full value Low .      0.924 Note  
PLAT201_ALERT_2_A Isotropic non-H Atoms in Main Residue(s) .......         58 Report
PLAT241_ALERT_2_A High   'MainMol' Ueq as Compared to Neighbors of         C6 Check
PLAT305_ALERT_2_A Isolated Hydrogen Atom   (Outside Bond Range ??)       H1AA Check
PLAT430_ALERT_2_A Short Inter D...A Contact  O1     ..  N1      ..       2.36 Ang.  
And 2 other PLAT430 Alerts
ps 1. 最后一个2.36这行的错误，单纯的dfix O1     ..  N1  距离无法解决
     2.  diffrn_measured_fraction_theta_full value Low .      0.924 Note  
    3. Isotropic non-H Atoms in Main Residue(s) .......         58 Report 2和3的问题无论指认残峰与否都一直存在！

上次的结构非常感谢“我想更懂你29”和“leaves922”老师，现在继续求助各位老师！希望得到各位的帮助，多学习一点精修知识！附上结构文件
谢谢 @lich666
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1楼 2017-07-17 21:21:29
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铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lich666 at 2017-07-17 23:02:51
s算了，不用了。。。弄好了，没啥难度。新手建议好好多走几遍，熟悉软件。olex2还是比较适合新手的。

昨天那个结构中的O不是水是OH，现在我从头开始走按照你的教程，还是走不到你的那个步骤去，所以如果我的问题太多你没空答复，能不能麻烦你帮我处理一下，把昨天的结构中的H减去一个，就是水上的两个氢减成一个？然后我再自己摸索一下，谢谢
我走不动的所有文件都在这里，感谢
链接: https://pan.baidu.com/s/1bT4Txc 密码: dqdf
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11楼2017-07-18 12:04:35
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匿名

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精修问题可私信
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2楼2017-07-17 21:37:40
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铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lich666 at 2017-07-17 22:37:40
好歹给个ins吧。。。懒得从头解了。

hao
3楼2017-07-17 22:00:11
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匿名

用户注销 (知名作家)

精修问题可私信
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感谢参与，应助指数 +1
muchnet: 金币+100, ★有帮助, 能不能麻烦帮我解答一下问题啊？为什么老师走就走下去了我就走不下去了，问题见一楼，谢谢 2017-07-17 22:04:42
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4楼2017-07-17 22:02:51
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