| 查看: 3277 | 回复: 13 | ||
muchnet铁杆木虫 (著名写手)
|
[求助]
继续求助A类错误的解决方案，结构精修的问题！——感谢各位老师们 已有2人参与
|
|
|
小白最近一直在学习精修；遇到的问题很多，百度，小木虫都给了很多帮助，无奈，问题总是有，所以继续求解，感谢各位老师耐心指导 情况具体是这样的： 和上次求助的一个系列的结构，初步解析好了，也精修得还好，而且都加了氢；残峰在2左右；那么我就想肯定需要把这些残峰指认为溶剂（此处溶剂为水或者乙醇）；其实不指认的时候，解析的问题都不大，shift在0，gof在1.05，Rint 2.08%，R1 7%，omit了8个点，不算多，但是A错误提示有“_diffrn_measured_fraction_theta_full value Low . 0.924 ”这个问题；还有问题就是残峰的问题“ Isotropic non-H Atoms in Main Residue(s) ....... 58 Report” 然后我就按照自己的理解，开始指认残峰为溶剂峰，各种C和O加上去之后，怎么shift gof peak值全部都变得更加错误？想请教各位老师们，我的问题在哪里？下面是问题： 1。按照残峰大小次序，依次改为O或者C这样，但是若做椭球，椭球就尖得厉害，删除反而数据更好；但是残峰不指认也不对，此时该做什么修正？ 2. 指认残峰之后，如果添加anis命令，暂时可以把数据修好得一点点，但是加氢之后又废掉；此时我需要做什么改进？ 3. 最重大的一个问题是，不指认残峰的时候，各个原子都正常显示；当指认了残峰之后，原先解好的原子（C、N等）周围出现 1. 几的q峰；然后我指认这些q峰为C、N，并且把占有率分配好，和原先已经解好的C、N合作成一个原子，但是我发现这个处理方式有问题，因为越指认和越分配占有率，就会出现越来越多的类似q峰在越来越多的已解好的原子周围出现。。。所以我觉得虽然这样处理可以一定程度让数据满意，但是肯定是不对的方法；此时我该怎么样处理呢？之前一个结构的金属原子周围也是不断出现邻得很近的2-3左右的q峰，也是按照占有率的处理不得解法，所以此处一并请教老师！ 附上指认残峰之后的a错误 Alert level A EXPT005_ALERT_1_A _exptl_crystal_description is missing Crystal habit description. The following tests will not be performed. CRYSR_01 ABSTY03_ALERT_1_A The _exptl_absorpt_correction_type has been given as none. However a value has been given for _exptl_absorpt_process_details. From the CIF: _exptl_absorpt_process_details SADABS-2008/1 (Bruker,200 PLAT029_ALERT_3_A _diffrn_measured_fraction_theta_full value Low . 0.924 Note PLAT201_ALERT_2_A Isotropic non-H Atoms in Main Residue(s) ....... 58 Report PLAT241_ALERT_2_A High 'MainMol' Ueq as Compared to Neighbors of C6 Check PLAT305_ALERT_2_A Isolated Hydrogen Atom (Outside Bond Range ??) H1AA Check PLAT430_ALERT_2_A Short Inter D...A Contact O1 .. N1 .. 2.36 Ang. And 2 other PLAT430 Alerts ps 1. 最后一个2.36这行的错误，单纯的dfix O1 .. N1 距离无法解决 2. diffrn_measured_fraction_theta_full value Low . 0.924 Note 3. Isotropic non-H Atoms in Main Residue(s) ....... 58 Report 2和3的问题无论指认残峰与否都一直存在！ 上次的结构非常感谢“我想更懂你29”和“leaves922”老师，现在继续求助各位老师！希望得到各位的帮助，多学习一点精修知识！附上结构文件 谢谢 @lich666 |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : a.cif
- 附件 2 : a.fcf
- 附件 3 : a.hkl
- 附件 4 : a.lst
2017-07-17 21:20:41, 26.94 K
2017-07-17 21:20:42, 430.51 K
2017-07-17 21:20:44, 967.71 K
2017-07-17 21:20:45, 166.48 K
» 猜你喜欢
广州大学大湾区环境研究院环境大分子材料研究所王平山教授团队 2026年研究生招生简章
已经有0人回复
-
天津理工大学
已经有0人回复
-
无机化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有115人回复
-
台州学院有序多孔材料团队最后冲刺，同学们别错过哦，请速联系！
已经有0人回复
-
江西科技师范大学物理化学课题组接收调剂生，名额还有，速来
已经有0人回复
-
求碳酸钠和碳酸氢钠的晶胞结构图或晶体结构图
已经有0人回复
-
求碳酸钠和碳酸氢钠的晶胞结构图或晶体结构图
已经有0人回复
-
江西科技师范大学物理化学课题组接收调剂生，12点开启，速来
已经有0人回复
匿名
用户注销 (知名作家)
精修问题可私信
- CMEI: 2
- 应助: 2712 (讲师)
- 贵宾: 0.836
- 金币: 38475.5
- 散金: 1801
- 红花: 400
- 帖子: 5825
- 在线: 1932.4小时
- 虫号: 0
- 注册: 2008-10-05
- 性别: GG
- 专业: 药物分析
- 管辖: 晶体
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与，应助指数 +1
muchnet: 金币+100, ★有帮助, 能不能麻烦帮我解答一下问题啊？为什么老师走就走下去了我就走不下去了，问题见一楼，谢谢 2017-07-17 22:04:42
感谢参与，应助指数 +1
muchnet: 金币+100, ★有帮助, 能不能麻烦帮我解答一下问题啊？为什么老师走就走下去了我就走不下去了，问题见一楼，谢谢 2017-07-17 22:04:42
 本帖仅楼主可见 |
4楼2017-07-17 22:02:51
匿名
用户注销 (知名作家)
精修问题可私信
- CMEI: 2
- 应助: 2712 (讲师)
- 贵宾: 0.836
- 金币: 38475.5
- 散金: 1801
- 红花: 400
- 帖子: 5825
- 在线: 1932.4小时
- 虫号: 0
- 注册: 2008-10-05
- 性别: GG
- 专业: 药物分析
- 管辖: 晶体
2楼2017-07-17 21:37:40
|
hao |
3楼2017-07-17 22:00:11
muchnet
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 15980.5
- 散金: 67
- 红花: 4
- 帖子: 1613
- 在线: 136.7小时
- 虫号: 291270
- 注册: 2006-10-29
- 性别: MM
- 专业: 力学中的基本问题和方法
5楼2017-07-17 22:03:42
muchnet
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 15980.5
- 散金: 67
- 红花: 4
- 帖子: 1613
- 在线: 136.7小时
- 虫号: 291270
- 注册: 2006-10-29
- 性别: MM
- 专业: 力学中的基本问题和方法
6楼2017-07-17 22:06:59
匿名
用户注销 (知名作家)
精修问题可私信
- CMEI: 2
- 应助: 2712 (讲师)
- 贵宾: 0.836
- 金币: 38475.5
- 散金: 1801
- 红花: 400
- 帖子: 5825
- 在线: 1932.4小时
- 虫号: 0
- 注册: 2008-10-05
- 性别: GG
- 专业: 药物分析
- 管辖: 晶体
7楼2017-07-17 22:10:28
muchnet
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 15980.5
- 散金: 67
- 红花: 4
- 帖子: 1613
- 在线: 136.7小时
- 虫号: 291270
- 注册: 2006-10-29
- 性别: MM
- 专业: 力学中的基本问题和方法
8楼2017-07-17 22:19:01
muchnet
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 15980.5
- 散金: 67
- 红花: 4
- 帖子: 1613
- 在线: 136.7小时
- 虫号: 291270
- 注册: 2006-10-29
- 性别: MM
- 专业: 力学中的基本问题和方法
|
按照您的高级olex指导中的无序那一部分的处理，我将tools里面的Tools-Shelx Compatible Restraints的ISOR和SIMU等命令调出 之后点“go”，但是回到work界面，进行refine的时候，采用olex的精修可以走下去，采用XL的就显示atom names not allowed。。。请问这里应该是直接用olex2.refine来进行精修吗？之前一直都是xl精修的呀，这是怎么回事？我看到你的cif文件中有rigu命令，也用了一下，同样出现这个问题。。。进行无序处理之后不需要再走一轮精修吗？而且走olex精修的时候shift变得巨大200多；权重第二项也变得1000多，按照教程里面说超过1很多应该不对，那为什么我同样这样走出现这个问题呢？ 感谢答复 |
9楼2017-07-18 11:43:57
muchnet
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 15980.5
- 散金: 67
- 红花: 4
- 帖子: 1613
- 在线: 136.7小时
- 虫号: 291270
- 注册: 2006-10-29
- 性别: MM
- 专业: 力学中的基本问题和方法
10楼2017-07-18 11:46:58
