应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 继续求助A类错误的解决方案，结构精修的问题！——感谢各位老师们
141/2返回列表12下一页
查看: 3200  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

muchnet

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 继续求助A类错误的解决方案，结构精修的问题！——感谢各位老师们 已有2人参与

小白最近一直在学习精修；遇到的问题很多，百度，小木虫都给了很多帮助，无奈，问题总是有，所以继续求解，感谢各位老师耐心指导
情况具体是这样的：
和上次求助的一个系列的结构，初步解析好了，也精修得还好，而且都加了氢；残峰在2左右；那么我就想肯定需要把这些残峰指认为溶剂（此处溶剂为水或者乙醇）；其实不指认的时候，解析的问题都不大，shift在0，gof在1.05，Rint 2.08%，R1 7%，omit了8个点，不算多，但是A错误提示有“_diffrn_measured_fraction_theta_full value Low .      0.924 ”这个问题；还有问题就是残峰的问题“ Isotropic non-H Atoms in Main Residue(s) .......         58 Report”

然后我就按照自己的理解，开始指认残峰为溶剂峰，各种C和O加上去之后，怎么shift gof peak值全部都变得更加错误？想请教各位老师们，我的问题在哪里？下面是问题：
1。按照残峰大小次序，依次改为O或者C这样，但是若做椭球，椭球就尖得厉害，删除反而数据更好；但是残峰不指认也不对，此时该做什么修正？
2.  指认残峰之后，如果添加anis命令，暂时可以把数据修好得一点点，但是加氢之后又废掉；此时我需要做什么改进？
3.  最重大的一个问题是，不指认残峰的时候，各个原子都正常显示；当指认了残峰之后，原先解好的原子（C、N等）周围出现 1. 几的q峰；然后我指认这些q峰为C、N，并且把占有率分配好，和原先已经解好的C、N合作成一个原子，但是我发现这个处理方式有问题，因为越指认和越分配占有率，就会出现越来越多的类似q峰在越来越多的已解好的原子周围出现。。。所以我觉得虽然这样处理可以一定程度让数据满意，但是肯定是不对的方法；此时我该怎么样处理呢？之前一个结构的金属原子周围也是不断出现邻得很近的2-3左右的q峰，也是按照占有率的处理不得解法，所以此处一并请教老师！
附上指认残峰之后的a错误
Alert level A
EXPT005_ALERT_1_A  _exptl_crystal_description is missing
            Crystal habit description.
            The following tests will not be performed.
            CRYSR_01
ABSTY03_ALERT_1_A  The _exptl_absorpt_correction_type has been given as none.
            However a value has been given for _exptl_absorpt_process_details.
  From the CIF: _exptl_absorpt_process_details         SADABS-2008/1 (Bruker,200
PLAT029_ALERT_3_A _diffrn_measured_fraction_theta_full value Low .      0.924 Note  
PLAT201_ALERT_2_A Isotropic non-H Atoms in Main Residue(s) .......         58 Report
PLAT241_ALERT_2_A High   'MainMol' Ueq as Compared to Neighbors of         C6 Check
PLAT305_ALERT_2_A Isolated Hydrogen Atom   (Outside Bond Range ??)       H1AA Check
PLAT430_ALERT_2_A Short Inter D...A Contact  O1     ..  N1      ..       2.36 Ang.  
And 2 other PLAT430 Alerts
ps 1. 最后一个2.36这行的错误，单纯的dfix O1     ..  N1  距离无法解决
     2.  diffrn_measured_fraction_theta_full value Low .      0.924 Note  
    3. Isotropic non-H Atoms in Main Residue(s) .......         58 Report 2和3的问题无论指认残峰与否都一直存在！

上次的结构非常感谢“我想更懂你29”和“leaves922”老师，现在继续求助各位老师！希望得到各位的帮助，多学习一点精修知识！附上结构文件
谢谢 @lich666
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : a.cif
    • 2017-07-17 21:20:41, 26.94 K
  • 附件 2 : a.fcf
    • 2017-07-17 21:20:42, 430.51 K
  • 附件 3 : a.hkl
    • 2017-07-17 21:20:44, 967.71 K
  • 附件 4 : a.lst
    • 2017-07-17 21:20:45, 166.48 K

» 猜你喜欢
1楼 2017-07-17 21:21:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖置顶 ( 共有1个 )

匿名

用户注销 (知名作家)

精修问题可私信
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与，应助指数 +1
muchnet: 金币+100, ★有帮助, 能不能麻烦帮我解答一下问题啊？为什么老师走就走下去了我就走不下去了，问题见一楼，谢谢 2017-07-17 22:04:42
本帖仅楼主可见
赞一下
4楼2017-07-17 22:02:51
已阅   申请CMEI   回复此楼   编辑   查看我的主页
普通回帖

匿名

用户注销 (知名作家)

精修问题可私信
本帖仅楼主可见
赞一下
2楼2017-07-17 21:37:40
已阅   申请CMEI   回复此楼   编辑   查看我的主页

muchnet

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lich666 at 2017-07-17 22:37:40
好歹给个ins吧。。。懒得从头解了。

hao
3楼2017-07-17 22:00:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

muchnet

铁杆木虫 (著名写手)
不让编辑贴子啊？我发一个到网盘吧
链接: https://pan.baidu.com/s/1kVebYqb 密码: pvaf @lich666
赞一下 回复此楼
5楼2017-07-17 22:03:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

muchnet

铁杆木虫 (著名写手)
就是感谢楼上lich666老师，你的olex的说明性教程我看过了，很有帮助，就是在这个教程的指引下我立刻下了olex来修结构；之前的xp都不记得了，但是能不能麻烦您帮我解答一下问题？我的问题在哪里？问题见一楼，谢谢 @lich666
赞一下 回复此楼
6楼2017-07-17 22:06:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (知名作家)

精修问题可私信
本帖仅楼主可见
赞一下
7楼2017-07-17 22:10:28
已阅   申请CMEI   回复此楼   编辑   查看我的主页

muchnet

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by lich666 at 2017-07-17 23:10:28
建议好好照我的教程把软件用熟了先。。。...

可不可以告诉一下我，您对我的ins文件做了哪些修正和命令？非常感谢
赞一下 回复此楼
8楼2017-07-17 22:19:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

muchnet

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by lich666 at 2017-07-17 23:10:28
建议好好照我的教程把软件用熟了先。。。...

按照您的高级olex指导中的无序那一部分的处理，我将tools里面的Tools-Shelx Compatible Restraints的ISOR和SIMU等命令调出 之后点“go”，但是回到work界面，进行refine的时候，采用olex的精修可以走下去，采用XL的就显示atom names not allowed。。。请问这里应该是直接用olex2.refine来进行精修吗？之前一直都是xl精修的呀，这是怎么回事？我看到你的cif文件中有rigu命令，也用了一下，同样出现这个问题。。。进行无序处理之后不需要再走一轮精修吗？而且走olex精修的时候shift变得巨大200多；权重第二项也变得1000多，按照教程里面说超过1很多应该不对，那为什么我同样这样走出现这个问题呢？
感谢答复
赞一下 回复此楼
9楼2017-07-18 11:43:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

muchnet

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by lich666 at 2017-07-17 23:10:28
建议好好照我的教程把软件用熟了先。。。...

ins文件编辑中，去掉rigu和isor命令之后，xl可以继续走
赞一下 回复此楼
10楼2017-07-18 11:46:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 muchnet 的主题更新
141/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭