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doudouding

木虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】关于晶格驰豫

对晶格做驰豫计算,通常是驰豫晶格常数,但在掺杂的情况下做晶格驰豫时,需要固定晶格常数和其他原子位置,而只对掺杂原子坐标进行驰豫计算,这时该怎么设置才能使得其他原子位置也固定不动呢?

看到文献中设置原子坐标是写为(u,u,u)的形式,通过计算得出其中的u值,这个该怎么设置呢?直接输入的时候是只能输入数字的
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doudouding

木虫 (小有名气)

看到文献中提到一些晶体原子的内坐标,说到先优化晶胞结构得到晶胞参数然后优化内坐标。这个内坐标的优化是怎么进行的?文献中只是说某个原子的坐标是(u,u,u),然后优化内坐标,得到u。但在建立晶格结构的时候,原子坐标必须是具体的数字,这个内坐标u的优化是怎么进行的呢?
3楼2009-02-09 08:50:59
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css8170

木虫 (正式写手)

★ ★
wuchenwf(金币+2):谢谢讨论 1-29 14:29
MS中可以将需要固定坐标位置的原子选定,在Modify菜单中选择Constraints,出现Edit Constraints对话框,在Atom标签中选择Fix Cartesian position或Fix fractional position即可。
但要注意“只对掺杂原子坐标进行驰豫计算”恐怕是不妥的,应该对掺杂原子周围的一些原子的坐标同时进行驰豫计算。
2楼2009-01-29 13:53:45
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zdhlover

荣誉版主 (职业作家)

小木虫之莲花佛

★ ★
qasd(金币+2,VIP+0):xiexie 2-9 11:54
内坐标是相对位置,外坐标是绝对位置,内坐标是分数坐标,外坐标是笛卡尔坐标
4楼2009-02-09 09:50:56
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老虎大王

木虫 (著名写手)

★ ★
qasd(金币+2,VIP+0):xiexie 2-9 11:54
内坐标这个词常用于分子体系。它是用来描述分子的内部运动时所用的坐标系。比如键长,键角,二面角等,这些参数就是内坐标。对于分子,一般不像对无机晶体一样直接讲原子位置坐标。

比如水分子,用两个O-H键长和一个H-O-H键角,这是三个内坐标,就完全描述了这个分子的结构,当然你给出三个原子的位置也是一样的,但一般不是这样描述分子
5楼2009-02-09 11:31:50
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