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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【讨论】关于晶格驰豫
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doudouding

木虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】关于晶格驰豫

对晶格做驰豫计算，通常是驰豫晶格常数，但在掺杂的情况下做晶格驰豫时，需要固定晶格常数和其他原子位置，而只对掺杂原子坐标进行驰豫计算，这时该怎么设置才能使得其他原子位置也固定不动呢?

看到文献中设置原子坐标是写为（u,u,u）的形式，通过计算得出其中的u值，这个该怎么设置呢？直接输入的时候是只能输入数字的
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1楼 2009-01-27 11:05:51
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css8170

木虫 (正式写手)
★ ★
wuchenwf(金币+2):谢谢讨论 1-29 14:29
MS中可以将需要固定坐标位置的原子选定，在Modify菜单中选择Constraints，出现Edit Constraints对话框，在Atom标签中选择Fix Cartesian position或Fix fractional position即可。
但要注意“只对掺杂原子坐标进行驰豫计算”恐怕是不妥的，应该对掺杂原子周围的一些原子的坐标同时进行驰豫计算。
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2楼2009-01-29 13:53:45
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doudouding

木虫 (小有名气)
看到文献中提到一些晶体原子的内坐标，说到先优化晶胞结构得到晶胞参数然后优化内坐标。这个内坐标的优化是怎么进行的？文献中只是说某个原子的坐标是（u,u,u）,然后优化内坐标，得到u。但在建立晶格结构的时候，原子坐标必须是具体的数字，这个内坐标u的优化是怎么进行的呢？
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3楼2009-02-09 08:50:59
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zdhlover

荣誉版主 (职业作家)

小木虫之莲花佛
★ ★
qasd(金币+2,VIP+0):xiexie 2-9 11:54
内坐标是相对位置，外坐标是绝对位置，内坐标是分数坐标，外坐标是笛卡尔坐标
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4楼2009-02-09 09:50:56
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★
qasd(金币+2,VIP+0):xiexie 2-9 11:54
内坐标这个词常用于分子体系。它是用来描述分子的内部运动时所用的坐标系。比如键长，键角，二面角等，这些参数就是内坐标。对于分子，一般不像对无机晶体一样直接讲原子位置坐标。

比如水分子，用两个O-H键长和一个H-O-H键角，这是三个内坐标，就完全描述了这个分子的结构，当然你给出三个原子的位置也是一样的，但一般不是这样描述分子
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5楼2009-02-09 11:31:50
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doudouding

木虫 (小有名气)
知道啊，问题是这个分数坐标是怎么进行优化的？具体该怎么操作呢？是不是固定其他原子的内坐标，然后再优化，但这样能保证结果里（u,u,u）三个坐标一定相等吗？
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6楼2009-02-09 11:39:02
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doudouding

木虫 (小有名气)
能有高手回答一下吗
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7楼2009-02-10 20:46:02
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zdhlover

荣誉版主 (职业作家)

小木虫之莲花佛
内坐标只与该晶体的对称性群和某种类型的结构有关，譬如，闪锌矿结构：（0，0，0）和（0.25，0.25，0.25）这样位置的原子无论你怎么样优化它的内坐标也就是分子坐标是不会变化的。这个自己要多动脑筋想一下。
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8楼2009-02-10 20:59:08
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doudouding

木虫 (小有名气)
但文献里说理想的u值是0.25，优化以后是0.264.不明白是怎么做的，所以才会问。文献在开始说晶体结构的时候就说这个原子内坐标是（u,u,u）
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9楼2009-02-11 20:52:03
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