24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 2045  |  回复: 17

正版小辉辉

铁虫 (初入文坛)

[求助] shell求助---删除特定行中的字符串

我有如下一个文件:
>S6_1
GTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTAACGGAGCAACAGAAACCCGGGTAGTCC
>S6_2
GTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTAGATACCCGTGTAGTCC
>S6_3
GTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGTTAGATACCCTAGTAGTCC

我想删除每一行(碱基)中的最后17个字符(AGATACCCTAGTAGTCC),但是不知道用语言如何实现?
貌似用sed和awk比较容易。
回复此楼

» 猜你喜欢

哈哈
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

ljw4010

荣誉版主 (职业作家)

小木虫从头派教主

前提是每行AGATACCCTAGTAGTCC唯一

发自小木虫Android客户端

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

不要说话
5楼2017-07-13 11:12:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

ljw4010

荣誉版主 (职业作家)

小木虫从头派教主

不要说话
2楼2017-07-12 22:53:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

正版小辉辉

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ljw4010 at 2017-07-12 22:53:09
sed可以搞

我也明白,可是不会写代码

发自小木虫Android客户端
哈哈
3楼2017-07-12 22:56:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ljw4010

荣誉版主 (职业作家)

小木虫从头派教主

sed -i 's/AGATACCCTAGTAGTCC//g'   filename

发自小木虫Android客户端
不要说话
4楼2017-07-13 11:11:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

正版小辉辉

铁虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by ljw4010 at 2017-07-13 11:12:27
前提是每行AGATACCCTAGTAGTCC唯一

但是如果不一样呢?这样是不是就不好办了?
哈哈
6楼2017-07-13 11:28:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ljw4010

荣誉版主 (职业作家)

小木虫从头派教主

不一样就这么搞,分组正则,我没验过,你试下,sed -i 's/(.*)AGATACCCTAGTAGTCC$/\1/g'? ?filename

发自小木虫Android客户端
不要说话
7楼2017-07-13 11:39:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ljw4010

荣誉版主 (职业作家)

小木虫从头派教主

sed -i 's/(.*)AGATACCCTAGTAGTCC$/\1/g' filename

发自小木虫Android客户端
不要说话
8楼2017-07-13 11:40:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

正版小辉辉

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by ljw4010 at 2017-07-13 11:40:50
sed -i 's/(.*)AGATACCCTAGTAGTCC$/\1/g' filename

qiime@qiime-190-virtual-box:~$ sed -i 's/(.*)ATTAGATACCCTAGTAGTCC$/\1/g' /home/qiime/S1_S14.fasta
sed: -e expression #1, char 36: invalid reference \1 on `s' command's RHS
哈哈
9楼2017-07-13 12:19:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

正版小辉辉

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 正版小辉辉 at 2017-07-13 12:19:34
qiime@qiime-190-virtual-box:~$ sed -i 's/(.*)ATTAGATACCCTAGTAGTCC$/\1/g' /home/qiime/S1_S14.fasta
sed: -e expression #1, char 36: invalid reference \1 on `s' command's RHS...

这样看起来,有错误出现
哈哈
10楼2017-07-13 12:20:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 正版小辉辉 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 070300求调剂306分 +3 26要上岸 2026-03-27 3/150 2026-03-27 17:57 by arrow8852
[考研] 085602 化工专硕 338分 求调剂 +8 路痴小琪 2026-03-27 8/400 2026-03-27 16:50 by lenovolsw
[考研] 一志愿 西北大学 总分282 英语一62 求调剂 +7 18419759900 2026-03-25 8/400 2026-03-27 16:38 by 18419759900
[考研] 一志愿北京化工大学 070300 学硕 336分 求调剂 +9 vv迷 2026-03-22 9/450 2026-03-27 15:59 by 不吃魚的貓
[考研] 269专硕求调剂 +10 金恩贝 2026-03-21 10/500 2026-03-27 15:10 by caszguilin
[材料工程] 一志愿C9材料与化工专业总分300求调剂 +7 曼111 2026-03-24 8/400 2026-03-27 13:53 by 杨杨杨紫
[考研] 348求调剂 +4 小懒虫不懒了 2026-03-27 5/250 2026-03-27 12:47 by 果果妈咪
[考研] 316求调剂 +5 Pigcasso 2026-03-24 5/250 2026-03-27 12:10 by zhshch
[考研] 275求调剂 +10 Micky11223 2026-03-25 12/600 2026-03-27 09:41 by caszguilin
[考研] 286求调剂 +13 Faune 2026-03-21 13/650 2026-03-26 19:52 by peike
[考研] 总分322求生物学/生化与分子/生物信息学相关调剂 +5 星沉uu 2026-03-26 6/300 2026-03-26 19:02 by macy2011
[考研] 086000生物与医药292求调剂 +6 小小陈小小 2026-03-22 9/450 2026-03-26 15:58 by dick_runner
[考研] 打过很多竞赛,085406控制工程300分,求调剂 +3 askeladz 2026-03-26 3/150 2026-03-26 09:08 by 给你你注意休息
[考研] 0854AI CV方向招收调剂 +4 章小鱼567 2026-03-23 4/200 2026-03-25 17:04 by CoderLoser
[考研] 318求调剂 +5 plum李子 2026-03-21 8/400 2026-03-25 09:26 by aa331100
[考研] 311求调剂 +3 冬十三 2026-03-24 3/150 2026-03-24 21:31 by peike
[考研] 材料专硕找调剂 +5 哈哈哈吼吼吼哈 2026-03-23 5/250 2026-03-24 19:07 by 了了了了。。
[考研] 384求调剂 +3 子系博 2026-03-22 6/300 2026-03-23 21:45 by 子系博
[考研] 求调剂 +5 Zhangbod 2026-03-21 7/350 2026-03-22 13:13 by Zhangbod
[考研] 0805材料320求调剂 +3 深海物语 2026-03-20 3/150 2026-03-21 15:46 by 无际的草原
信息提示
请填处理意见