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正版小辉辉

铁虫 (初入文坛)

[求助] shell求助---删除特定行中的字符串

我有如下一个文件:
>S6_1
GTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTAACGGAGCAACAGAAACCCGGGTAGTCC
>S6_2
GTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTAGATACCCGTGTAGTCC
>S6_3
GTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGTTAGATACCCTAGTAGTCC

我想删除每一行(碱基)中的最后17个字符(AGATACCCTAGTAGTCC),但是不知道用语言如何实现?
貌似用sed和awk比较容易。
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ljw4010

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小木虫从头派教主

前提是每行AGATACCCTAGTAGTCC唯一

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不要说话
5楼2017-07-13 11:12:27
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普通回帖

ljw4010

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小木虫从头派教主

不要说话
2楼2017-07-12 22:53:09
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正版小辉辉

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ljw4010 at 2017-07-12 22:53:09
sed可以搞

我也明白,可是不会写代码

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哈哈
3楼2017-07-12 22:56:02
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ljw4010

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小木虫从头派教主

sed -i 's/AGATACCCTAGTAGTCC//g'   filename

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不要说话
4楼2017-07-13 11:11:39
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正版小辉辉

铁虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by ljw4010 at 2017-07-13 11:12:27
前提是每行AGATACCCTAGTAGTCC唯一

但是如果不一样呢?这样是不是就不好办了?
哈哈
6楼2017-07-13 11:28:35
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ljw4010

荣誉版主 (职业作家)

小木虫从头派教主

不一样就这么搞,分组正则,我没验过,你试下,sed -i 's/(.*)AGATACCCTAGTAGTCC$/\1/g'? ?filename

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不要说话
7楼2017-07-13 11:39:51
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ljw4010

荣誉版主 (职业作家)

小木虫从头派教主

sed -i 's/(.*)AGATACCCTAGTAGTCC$/\1/g' filename

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不要说话
8楼2017-07-13 11:40:50
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正版小辉辉

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by ljw4010 at 2017-07-13 11:40:50
sed -i 's/(.*)AGATACCCTAGTAGTCC$/\1/g' filename

qiime@qiime-190-virtual-box:~$ sed -i 's/(.*)ATTAGATACCCTAGTAGTCC$/\1/g' /home/qiime/S1_S14.fasta
sed: -e expression #1, char 36: invalid reference \1 on `s' command's RHS
哈哈
9楼2017-07-13 12:19:34
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正版小辉辉

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 正版小辉辉 at 2017-07-13 12:19:34
qiime@qiime-190-virtual-box:~$ sed -i 's/(.*)ATTAGATACCCTAGTAGTCC$/\1/g' /home/qiime/S1_S14.fasta
sed: -e expression #1, char 36: invalid reference \1 on `s' command's RHS...

这样看起来,有错误出现
哈哈
10楼2017-07-13 12:20:54
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