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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 程序语言 » Shell&Perl » shell求助---删除特定行中的字符串
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正版小辉辉

铁虫 (初入文坛)

[求助] shell求助---删除特定行中的字符串

我有如下一个文件：
>S6_1
GTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTAACGGAGCAACAGAAACCCGGGTAGTCC
>S6_2
GTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTAGATACCCGTGTAGTCC
>S6_3
GTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGTTAGATACCCTAGTAGTCC

我想删除每一行（碱基）中的最后17个字符（AGATACCCTAGTAGTCC），但是不知道用语言如何实现？
貌似用sed和awk比较容易。
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1楼 2017-07-12 22:49:01
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ljw4010

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小木虫从头派教主
前提是每行AGATACCCTAGTAGTCC唯一

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正版小辉辉
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5楼2017-07-13 11:12:27
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普通回帖

ljw4010

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小木虫从头派教主
sed可以搞

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2楼2017-07-12 22:53:09
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正版小辉辉

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ljw4010 at 2017-07-12 22:53:09
sed可以搞

我也明白，可是不会写代码

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3楼2017-07-12 22:56:02
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ljw4010

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小木虫从头派教主
sed -i 's/AGATACCCTAGTAGTCC//g'   filename

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4楼2017-07-13 11:11:39
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正版小辉辉

铁虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by ljw4010 at 2017-07-13 11:12:27
前提是每行AGATACCCTAGTAGTCC唯一

但是如果不一样呢？这样是不是就不好办了？
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6楼2017-07-13 11:28:35
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ljw4010

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小木虫从头派教主
不一样就这么搞，分组正则，我没验过，你试下，sed -i 's/（.*）AGATACCCTAGTAGTCC$/\1/g'? ?filename

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7楼2017-07-13 11:39:51
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ljw4010

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小木虫从头派教主
sed -i 's/（.*）AGATACCCTAGTAGTCC$/\1/g' filename

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8楼2017-07-13 11:40:50
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正版小辉辉

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by ljw4010 at 2017-07-13 11:40:50
sed -i 's/（.*）AGATACCCTAGTAGTCC$/\1/g' filename

qiime@qiime-190-virtual-box:~$ sed -i 's/（.*）ATTAGATACCCTAGTAGTCC$/\1/g' /home/qiime/S1_S14.fasta
sed: -e expression #1, char 36: invalid reference \1 on `s' command's RHS
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9楼2017-07-13 12:19:34
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正版小辉辉

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 正版小辉辉 at 2017-07-13 12:19:34
qiime@qiime-190-virtual-box:~$ sed -i 's/（.*）ATTAGATACCCTAGTAGTCC$/\1/g' /home/qiime/S1_S14.fasta
sed: -e expression #1, char 36: invalid reference \1 on `s' command's RHS...

这样看起来，有错误出现
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10楼2017-07-13 12:20:54
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