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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » RNAseq低丰度基因有研究意义吗？
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yiremengdie

新虫 (小有名气)

[求助] RNAseq低丰度基因有研究意义吗？ 已有1人参与

发现一个lncRNa与肝癌的预后显著相关，但是它在肿瘤组织中表达较低，大约一半的肝癌组织中不表达。这样的低丰富lncRNA有研究意义吗？

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1楼 2017-07-07 18:00:56
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wusofa

金虫 (小有名气)

蛋白RNA相互作用研究
★
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2017-07-17 23:20:40
这个绝对有意义呀！！！说明表达低了有助于癌细胞生长或耐药，相当于抑癌基因的作用。
欢迎私信交流探讨

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2楼2017-07-17 04:17:26
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yiremengdie

新虫 (小有名气)
低丰富的意思是说表达量很低，几乎检测不到，不仅是指肿瘤组织正常组织中表达量也几乎检测不到

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3楼2017-07-17 18:18:08
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yiremengdie

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wusofa at 2017-07-17 04:17:26
这个绝对有意义呀！！！说明表达低了有助于癌细胞生长或耐药，相当于抑癌基因的作用。
欢迎私信交流探讨

是低丰富，不是降低表达

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4楼2017-07-17 18:18:51
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晋鹏

版主 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
西门吹雪170: 金币+5, 鼓励热心回帖交流 2017-07-17 23:21:09
1、西班牙IMIM（Hospital del Mar Medical Research Institute）和加泰罗尼亚理工大学（UPC）的研究团队最近在eLife杂志上发表研究指出，长非编码RNA在新蛋白演化中起到了重要的作用，它们在细胞中有着不为人知的重要功能。

2、RNAseq基因表达差异分析过程中，差异不显著的基因，表达量相差倍数却很大。

3、在计算两个组样本间基因的表达量是否有差异的时候，对于RNA-seq实际上就是分析这个基因的reads数量在两组间是否存在显著差异。打个比方：1个低丰度的基因A，在对照组是平均2条reads，处理组是平均4条reads。1个高丰度的基因B，在对照组是平均 2000条reads，处理组是平均4000条reads。虽然看起来两个基因的表达差异倍数都是上调了2倍。但是，我们很容易判断，A基因的表达差异受测序随机误差影响的概率更大（从2随机波动到4），但基因B的表达差异来自测序随机误差的概率则更小（从2000波动到4000的可能性较小）。从统计学上说，就是A基因差异不显著，B基因差异极显著。

4、这就解释了为什么低表达的基因往往即使差异倍数较大，其差异也是不显著的，是因为其定量准确性较差。如果要提高低丰度基因的定量准确性，那么只有两种途径：

提高生物学重复的数量；

提高单个样本的测序量。

5、一般而言，在所有样本中表达量都极低的基因往往是不会有重要的生物学意义的。所以在分析结果中，可以将其删除不考虑。当然，低丰度基因的定义并没有标准，是人为设定的。例如，在所有样本中表达量RPKM均值小于1。

6、但也不排除，某些低丰度的基因就是我们的研究目的。要研究这样的基因，首先就要提高测序的准确性。如同上文提到的，可以使用提高生物重复样本数或加大测序量，来提高测序定量的精度。然后还需要使用Qpcr进行进一步验证。由于Qpcr可以进行更高的扩增循环数，所以对于低丰度基因的检测敏感度，Qpcr是高于一般的RNA-seq的。
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yiremengdie
及时行乐，人生不留遗憾！
5楼2017-07-17 23:18:21
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wusofa

金虫 (小有名气)

蛋白RNA相互作用研究
引用回帖:
4楼: Originally posted by yiremengdie at 2017-07-17 18:18:51
是低丰富，不是降低表达
...

那我理解错了。
不过如果是低丰度的lncRNA，而且有预后意义的话更值得做了。而且肯定不是通过简单的ceRNA机制，背后一定有重要机制！
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6楼2017-07-18 09:26:12
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yiremengdie

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by 晋鹏 at 2017-07-17 23:18:21
1、西班牙IMIM（Hospital del Mar Medical Research Institute）和加泰罗尼亚理工大学（UPC）的研究团队最近在eLife杂志上发表研究指出，长非编码RNA在新蛋白演化中起到了重要的作用，它们在细胞中有着不为人知的重 ...

非常感谢

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7楼2017-12-08 17:29:00
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