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18280933482

新虫 (初入文坛)

[求助] 基因克隆全长已有1人参与

本人没有做过分子相关的实验,但导师突然叫我做个基因克隆(是做基因全长),作为毕业论文的一部分。但是我现在第一步就不知道怎么做了(请各位帮我一下),我有在NCBI里找该基因(我是克隆鱼的DDB1基因)序列,但是发现只有部分物种有这个基因的序列,而且这些物种同源性不高,我该怎么做?希望各位大牛帮我解答一下!

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mayunhui

新虫 (正式写手)

是从基因组中克隆还是从cDNA中克隆?
书到用时方恨少
2楼2017-07-05 11:13:03
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晋鹏

版主 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2017-07-06 12:32:08
1、首先,你应该改变你的认识“只有部分物种有这个基因的序列,而且这些物种同源性不高”,如果都被研究透彻了,那你做这个工作的创新点在哪里呢?

2、既然你需要“克隆鱼的DDB1基因”,检索NCBI,目前已经克隆报道的DDB1基因有169个,包括动物、植物和微生物。

3、研究对象为鱼,可以以斑马鱼为例啊,已报道的斑马鱼DDB1基因有3个:

ID: 393599
damage-specific DNA binding protein 1 [Danio rerio (zebrafish)]        Chromosome 18, NC_007129.7 (50826591..50839096, complement)        zgc:63840

ID: 449848
X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 5 [Danio rerio (zebrafish)]        Chromosome 9, NC_007120.7 (52558181..52597667, complement)        Ku80, im:7137560, si:ch211-239d11.4


ID: 100004133
damage-specific DNA binding protein 2 [Danio rerio (zebrafish)]        Chromosome 18, NC_007129.7 (20468151..20479334)        si:dkey-45f10.3

建议以Gene ID: 393599,为同源模板,设计引物,克隆即可。
及时行乐,人生不留遗憾!
3楼2017-07-06 10:18:42
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18280933482

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by mayunhui at 2017-07-05 11:13:03
是从基因组中克隆还是从cDNA中克隆?

是从cdna

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4楼2017-07-06 20:02:53
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18280933482

新虫 (初入文坛)

好的,非常谢谢!还想请问一下设计引物我需要加上酶切位点吗?还有一个是做race是不是有5'端特别不好扩出来?我有什么技巧没?

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5楼2017-07-06 20:14:14
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小虫虫fly

新虫 (初入文坛)

内容已删除
6楼2017-07-06 23:30:51
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mayunhui

新虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 18280933482 at 2017-07-06 20:02:53
是从cdna
...

建个cDNA文库轻松搞定,或搜下文献,看看国内有没有别的实验室构建过此类cDNA文库,找他们借用下,或者花点钱买也行。
书到用时方恨少
7楼2017-07-07 09:28:25
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傲慢的少校

禁虫 (初入文坛)

本帖内容被屏蔽

8楼2018-05-02 18:28:18
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