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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 基因克隆全长
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18280933482

新虫 (初入文坛)

[求助] 基因克隆全长 已有1人参与

本人没有做过分子相关的实验，但导师突然叫我做个基因克隆（是做基因全长），作为毕业论文的一部分。但是我现在第一步就不知道怎么做了(请各位帮我一下），我有在NCBI里找该基因(我是克隆鱼的DDB1基因)序列，但是发现只有部分物种有这个基因的序列，而且这些物种同源性不高，我该怎么做？希望各位大牛帮我解答一下！

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1楼 2017-07-04 07:41:52
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mayunhui

新虫 (正式写手)
是从基因组中克隆还是从cDNA中克隆？
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书到用时方恨少
2楼2017-07-05 11:13:03
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晋鹏

版主 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2017-07-06 12:32:08
1、首先，你应该改变你的认识“只有部分物种有这个基因的序列，而且这些物种同源性不高”，如果都被研究透彻了，那你做这个工作的创新点在哪里呢？

2、既然你需要“克隆鱼的DDB1基因”，检索NCBI，目前已经克隆报道的DDB1基因有169个，包括动物、植物和微生物。

3、研究对象为鱼，可以以斑马鱼为例啊，已报道的斑马鱼DDB1基因有3个：

ID: 393599
damage-specific DNA binding protein 1 [Danio rerio (zebrafish)]        Chromosome 18, NC_007129.7 (50826591..50839096, complement)        zgc:63840

ID: 449848
X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 5 [Danio rerio (zebrafish)]        Chromosome 9, NC_007120.7 (52558181..52597667, complement)        Ku80, im:7137560, si:ch211-239d11.4


ID: 100004133
damage-specific DNA binding protein 2 [Danio rerio (zebrafish)]        Chromosome 18, NC_007129.7 (20468151..20479334)        si:dkey-45f10.3

建议以Gene ID: 393599，为同源模板，设计引物，克隆即可。
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及时行乐，人生不留遗憾！
3楼2017-07-06 10:18:42
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18280933482

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by mayunhui at 2017-07-05 11:13:03
是从基因组中克隆还是从cDNA中克隆？

是从cdna

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4楼2017-07-06 20:02:53
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18280933482

新虫 (初入文坛)
好的，非常谢谢！还想请问一下设计引物我需要加上酶切位点吗？还有一个是做race是不是有5'端特别不好扩出来？我有什么技巧没？

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5楼2017-07-06 20:14:14
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小虫虫fly

新虫 (初入文坛)
内容已删除
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6楼2017-07-06 23:30:51
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mayunhui

新虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 18280933482 at 2017-07-06 20:02:53
是从cdna
...

建个cDNA文库轻松搞定，或搜下文献，看看国内有没有别的实验室构建过此类cDNA文库，找他们借用下，或者花点钱买也行。
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书到用时方恨少
7楼2017-07-07 09:28:25
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傲慢的少校

禁虫 (初入文坛)
本帖内容被屏蔽
8楼2018-05-02 18:28:18
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