| 查看: 2649 | 回复: 12 | ||
[求助]
启动子功能分析求助
|
||
|
求各位虫友帮忙！ 本人研二，在做的课题是关于某鱼类某基因的启动子功能分析。目前在NCBI已有该物种两个版本的基因组信息，两个基因组关于该基因的序列几乎一致，自己也重新验证了该基因及其上游约2k区域的正确性，三者都几乎完全一致，只是存在若干碱基增减以及疑似SNP位点的存在。同时，在ncbi上基因组信息也提供了该基因的转录信息。我利用已经公布的转录信息，就对第一外显子之前的区域进行核心启动子预测。发现靠近mRNA第一外显子的的区域内（约1kbp）没有经典的TATAbox结构，且根据预测软件给出的结果显示，预测的核心启动子区域中的转录起始位点并未与mRNA的第一个碱基重合。现在我很担心，ncbi上公布的转录信息是否正确或者核心启动子预测是否正确。 利用cDNA及特异性引物对该基因进行pcr验证，电泳检测发现并没有条带产生（其正向引物与mRNA第一外显子的前24个碱基序列一致，反向引物为第二外显子中编码区序列），而自己设计的β-actin引物却可以跑出正常的条带。 我怕给出的转录信息有误，于是对第一外显子之后的500bp也进行启动子预测，发现在第一外显子之内（约+60）存在一个核心启动子区域，且在该核心启动子转录起始位点的上游约30bp处存在TATAbox的结构，所以我怀疑NCBI已公布的基因组信息中提供的mRNA信息有误？ 随后我对上述重新预测的含有TATAbox的核心子区域，利用特异性引物及cDNA进行pcr验证，电泳结果还是没有明显的条带。 现在我很担心，究竟是NCBI公布的转录信息有误还是核心启动子预测存在问题还是或者两者皆有？此外我的CDNA是否可能存在问题导致上述情况发生。 求大家帮忙，只有这50个币  |
回复此楼» 猜你喜欢
为什么蛋白质氨基酸测定大家都测17种?
已经有5人回复
-
《灰分记：我与坩埚的“灰烬”之恋》
已经有3人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有125人回复
-
求助 食品检验工（基础知识），中国劳动社会出版社 电子版
已经有5人回复
-
胶体几丁质的结晶度？
已经有0人回复
-
诚挚招收全日制博士！！！中国农业科学院麻类研究所谭志坚研究员课题组招收博士
已经有2人回复
-
三甲基羟乙基丙二胺的合成路线
已经有5人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
启动子区域相关元件预测及蛋白功能预测
已经有6人回复- 求助启动子有关基金摘要
已经有0人回复
- PlantCARE启动子分析网站变了，求原因和类似网站
已经有1人回复
- 【求助/交流】你知道这些蛋白表达的问题吗？
已经有3人回复
- 【求助/交流】关于启动子缺失的引物设计问题
已经有4人回复
10楼2017-07-01 06:34:53
fengshen2005
银虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2622.9
- 散金: 50
- 红花: 5
- 帖子: 518
- 在线: 80.2小时
- 虫号: 2251556
- 注册: 2013-01-20
- 专业: 免疫学
|
我有几个问题供参考：1，该基因是否有组织特异性，也就是说你如何保证你的cDNA中一定有这个基因的转录本？2，你只是说NCBI的信息与你的软件预测结果不一致，差别有多大？最好有图片 发自小木虫Android客户端 |
8楼2017-07-01 05:48:39
fengshen2005
银虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2622.9
- 散金: 50
- 红花: 5
- 帖子: 518
- 在线: 80.2小时
- 虫号: 2251556
- 注册: 2013-01-20
- 专业: 免疫学
9楼2017-07-01 05:51:05
2楼2017-06-28 21:30:14
3楼2017-06-29 10:38:26
4楼2017-06-30 18:43:40
5楼2017-06-30 18:56:33
6楼2017-06-30 18:59:44
7楼2017-06-30 19:07:37