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【求助】autodock和autogrid时分别出现错误，如何解决？
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本人在windows 里安装4.0，dock之前的准备工作都是按照autodock 4.0 tutorial的指导进行的，计算的内容就是tutorial里的hsg1.pdb 和ind.pdb。 但是在autogrid时出现如下错误： GPF> receptor hsg1.pdbqs # macromolecule Receptor Input File : hsg1.pdbqs Receptor Atom Type Assignments: Atom no. 1, " N " at (-5.322, -15.656, -12.341), receptor file contains unknown type: '9.00' add parameters for it to the parameter library first [疑问：如何添加这个未知类型的原子，但是这里面应该没有什么特别原子啊] 另外，利用tutorial自带的文件进行autodock时出现如下错误： PARSING INPUT DOCKING PARAMETER FILE Docking parameter file (DPF) used for this docking: C:\Documents and Settings\ibm\hsg1.dpf DPF> outlev 1 # diagnostic output level Output Level = 1. MINIMUM OUTPUT DURING DOCKING. Output every 100 generations. DPF> parameter_file AD4.1_bound.dat # parameter library filename Sorry, I can't find or open AD4.1_bound.dat Using read_parameter_library [疑问：是路径不对，还是文件名不对？] 上面两个问题如何解决，烦请高手指导，不胜感谢！！ [ Last edited by xuefei06 on 2009-1-16 at 21:36 ] |
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3楼2009-01-18 03:32:08
gwdavid
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xuefei06(金币+5):谢谢你的回答！ 1-17 19:02
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1）。 呵呵，你用的autodock4.0却在使用pdbqs这样的3.0版文件格式，4.0版里已经将受体和配体的格式统一成了pdbqt的，所以你生成的pdbqs里自然会产生不同的原子类型而造成不认了。方法是改用ADT工具准备受体配体文件。 2）。 DPF> parameter_file AD4.1_bound.dat 这句， 如果你的AD4.1_bound.dat 文件不是放在与*.dpf文件同一目录下那么就会产生此错误，因此要使用这种自定义的参数文件，最好的方法是将其放在同一目录下才不会出错。 另外，统一起见，关于分子对接，autodock等等的提问，这里有专贴，请在此提问，谢谢。http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1146943&fpage=1 |
2楼2009-01-17 11:18:16
4楼2009-01-18 20:15:37
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5楼2009-01-18 23:49:34